سرانجام، آيت اللّه حاج سيد احمد صفائى خوانسارى، در سحر شب ١٤ ذيقعدة الحرام ١٣٥٩ ه. ق/ ١٣١٩ ش، در ٦٨ سالگى و به هنگام گفتن تكبيرة الاحرام نماز وتر[١] ديده از جهان فروبست و به اجداد طاهرينش پيوست.

پيكر پاكش پس از تشييع باشكوه، در قبرستان محله پايتخت- نزديك مسجدى كه خود بنا كرده بود- به خاك سپرده شد. ميرزا محمّد جواد ولايى متخلص به افسر خوانسارى در رثايش چنين سرود:[٢]

از آسمان علم و عمل مهر تابناك‌		كردى غروب از افق دهر زير خاك‌
احمد سمى حامى شرع و شراع دين‌		جسم و روان و اصل و نسب هر چهار پاك‌
آمد نداى ارجعى‌اش چون به گوش روح‌		پيوسته گفت: ان رضائى لقد رضاك‌
پرواز كرد طائر روحش به قرب حق‌		اى روح پاك آيت حق روحنا فداك‌
مجموعه فضائل و كشاف معضلات‌		شد گنج پاك گوهر دانش نهان به خاك‌
بر مرتبتش به چشم حقيقت چه بنگريم‌		نورى به نور مهر سما كرده اصطكاك‌

[١]. حسينى اشكورى، تراجم الرجال، ج ١، ٧٠.

[٢]. مرعشى نجفى، مقدمه كشف الاستار، ج ١، ٢٥- ٢٦.