آن فقيه بزرگ، بجز شاگردان بسيارش، صاحب تأليفات فراوان در فقه، حديث، كلام، رجال، تاريخ، شعر و ديگر علوم بود. به قول علامه سيد محسن امين «او پيشواى رجال و حديث با تتبعى گسترده، دانستنيهاى بسيار و حافظه‌اى شگرف بود. هيچ‌كس از او پرسشى نمى‌كرد، مگر اينكه او را به جاى آن مطلب در كتابها با ذكر شماره صفحه حواله مى‌داد.[١]

مهمترين تأليف وى، تتميم عبقات الانوار پدرش مير حامد حسين است. مير حامد حسين خود مجلدات حديث غدير، حديث منزلت، حديث ولايت، حديث تشبيه و حديث نور را نگاشت، اما عمر پربارش به سر رسيد و كار عبقات به اتمام نرسيد، لذا سيد ناصر حسين به تكميل آن همت گماشت و مجلدات حديث الطير، حديث الباب، حديث الثقلين، حديث السفينة و حديث «انا مدينة العلم» را نگاشت.

اين كتابها به زبان فارسى بود و در هند به چاپ رسيد. نيز حديث ثقلين، در شش جلد به اهتمام آيت اللّه علامه سيد محمّد على روضاتى در اصفهان به چاپ رسيد.

همچنين متن همه آنها به وسيله استاد علامه سيد على حسينى ميلانى تعريب و تلخيص شد و به چاپ رسيد. اين كتاب همان كتاب نفحات الازهار فى خلاصة عبقات الانوار است كه تلخيص، تحقيق و تعريب تمام مجلدات عبقات- كه وسيله مير حامد حسين، سيد ناصر حسين و سيد محمّد سعيد نوشته شد- كه در ٢٠ جلد به چاپ رسيد.

از ديگر كتابهاى علامه سيد ناصر حسين، مى‌توان به كتابهاى ذيل اشاره كرد:

١. اثبات رد الشمس لأمير المؤمنين.[٢]

٢. ما ظهر من الفضائل لأمير المؤمنين يوم خيبر (فارسى).[٣]

[١]. امين، اعيان الشيعة، ج ١٠، ٢٠١.

[٢]. تهرانى، الذريعة، ج ١، ٩٥.

[٣]. صدر الافاضل، مطلع انوار، ٦٧١.