در سال ١٣٥٢ ه. ق بود كه ايشان درس خارج فقه و اصول را شروع كرد.[١] پس از وفات مرحوم نائينى و كمپانى، درس ايشان و شاگرد ديگر نائينى مرحوم آيت اللّه ميرزا محمّد على كاظمى خراسانى صاحب فوائد الاصول از درسهاى عمده بود و پس از رحلت مرحوم كاظمى در ١٣٦٥ ه. ق بود كه محفل درس آيت اللّه خويى برترين و پرجمعيت‌ترين حوزه درسى نجف را تشكيل داده و قريب پنجاه سال، هزاران تشنه دانش اهل بيت را از آبشخور علوم خويش سيراب كرد و در عين حال ديگر وظايف زعامت و مرجعيت را به بهترين وجهى ايفا نمود.[٢]

صاحب كتاب «آثار الحجه» كه آن را در ١٣٧٣ ه. ق نگاشته است مى‌نويسد.

«جناب حجت الاسلام و المسلمين آيت اللّه فى العالمين آقاى حاج سيد ابو القاسم خويى اسطوانه علمى نجف و اول مدرس خارج و محقق و مدقق عصر حاضر و حوزه تدريسش در نجف است و از حيث كم و كيف، شهرت جهانى دارد».[٣]

آيت اللّه فقيد خود مى‌نويسد:

«من بسيار تدريس كرده‌ام، و در فنون فقه و اصول و تفسير جلسات بسيار را تشكيل داده و جمعى بيشمار از فرزانگان و انديشمندان را در حوزه علمى نجف پرورش داده‌ام.

جلسات تدريسم خارج مكاسب شيخ انصارى و كتاب صلاة دو مرتبه به صورت كامل و كتابهاى ديگر فقهى مى‌باشد.

در ٢٧ ربيع الاول ١٣٧٧ ه. ق به تدريس ابواب كتاب عروة الوثقى، از باب طهارت پرداخته‌[٤] و در ٢٦ ربيع الاول ١٤٠٠ ه. ق بعد از ٢٣ سال به كتاب‌

[١]. يكى از شاگردان آن دوره ايشان حضرت آيت اللّه حاج شيخ محمّد تقى بهجت مى‌باشند.

[٢]. گفتار استاد سيد عبد العزيز طباطبائى.

[٣]. شرف رازى، آثار الحجه، ج ٢، صص ٢٩٤- ٢٩٥.

[٤]. ايشان پيشتر باب« اجتهاد و تقليد» را مطرح كرده و تقريرات آن هم به چاپ رسيده بود.