از او تقريرات درس فلسفه برجاى مانده است. او در عيد فطر ١٤٠٤ در اثر بيمارى بدرود حيات گفت و به دستور حضرت امام (قده) در حرم مطهر حضرت فاطمه معصومه عليها السّلام به خاك سپرده شد. به دنبال درگذشت ايشان اين تلگرام از سوى رهبر فقيد انقلاب حضرت امام خمينى قدس سره به والد بزرگوارش مخابره شد:

حضرت آيت اللّه خويى دامت بركاته‌

با تأسف و تأثر، مصيبت وارده بر جنابعالى و فاميل محترم را تسليت عرض مى‌كنم و از خداوند تعالى براى آن مرحوم محترم مغفرت و براى جنابعالى و بازماندگان او صبر جميل و اجر جزيل مسئلت مى‌نمايم و از خداوند تعالى عاجزانه مى‌خواهم كه دشمنان اسلام و دشمنان حوزه‌هاى مقدسه علميه را به سزاى خودشان برساند و در دنيا و آخرت آنان را روسياه فرمايد و مجد حوزه علميه مباركه نجف و ساير اعتاب مقدسه را با نابودى حزب عفلقى بعث عراق خذلهم اللّه تعالى به حال اول برگرداند و علماى اسلام و ملت شريف عراق را از چنگال صدام و صداميان نجات مرحمت فرمايد و از جنابعالى و ساير علما و فضلاى نجف و اهالى محترم عراق خواهانم كه براى پيروزى لشكر اسلام بر فريب‌خوردگان لشكر كفر عفلقى در تحت قبه‌هاى نورانى ائمه اطهار عليهم السّلام خصوصا سيد الاولياء عليه سلام اللّه دعا فرماييد.

و السلام عليكم و رحمة اللّه روح اللّه الموسوى الخمينى، دوم شوال المكرم ١٤٠٤

٢. مرحوم حجت الاسلام آقاى حاج سيد على خويى، وى در زمان حيات پدر در اثر تصادف درگذشت.

٣. شهيد حجت الاسلام و المسلمين حاج سيد محمّد تقى خويى، از او تقريرات درس پدر بزرگوارش به نام مبانى العروة الوثقى در چهار جلد به چاپ رسيده است.

دامادهاى ايشان نيز عبارتند از حضرات آيات و حجج اسلام: