نيز هنگامى كه خبر دستگيرى و شايعه محاكمه حضرت امام خمينى (ره) به گوش ايشان رسيد. شديدا برآشفته و بدون فوت وقت همراه با عده‌اى از اساتيد و علماى حوزه همچون حضرات آيات: شيخ احمد انصارى قمى، شيخ مجتبى لنكرانى، شيخ صدرا بادكوبه‌اى، شيخ مرتضى آل ياسين و سيد محمّد باقر صدر به بيت مرحوم آيت اللّه شاهرودى شتافته و همراه ايشان به سوى منزل آيت اللّه حكيم در كوفه رفتند، و پس از شور و مشورت بسيار، كه تا نيمه‌هاى شب به درازا كشيد در اولين ساعات بامداد هريك جداگانه تلگراف شديد اللحنى به ايران مخابره نموده و از ساحت رفيع مرجعيت حضرت امام خمينى حمايت كردند. و هنگامى كه وسيله مرحوم آيت اللّه حاج آقا مصطفى خمينى خبر آمدن حضرت امام به عراق به گوش مرجع فقيد رسيد، بدون لحظه‌اى درنگ بسيارى از علما و فضلاى حوزه نجف، از جمله حضرات آقايان: شيخ مجتبى لنكرانى، شيخ صدرا بادكوبه‌اى و فرزندش سيد جمال الدين خويى و دامادش سيد جلال الدين فقيه ايمانى را همراه گروهى از طلاب كه بالغ بر ده دستگاه اتوبوس مى‌شدند به استقبال ايشان فرستادند. روز اول پس از پايان درس به ديدار امام شتافته و روز دوم نيز به ملاقات ايشان آمدند و در پاسخ افرادى كه از انگيزه اين كار پرسش نمودند، فرمود:

«ايشان با ديگران تفاوت مى‌كند و لذا ديدن او هم با ديگران بايد فرق داشته باشد».

و به هنگام بازديد امام از آيت اللّه فقيد هم مجلس باشكوه و مفصلى ترتيب يافته و اطعام گسترده‌اى صورت گرفت.

مخالفت با اسرائيل‌

آيت اللّه فقيد از تسلط مزدوران بيگانه و افراد نامسلمان و وطن‌فروشان بهايى و يهودى بر مقدرات مملكت و برقرارى ارتباط با اسرائيل بسيار نگران و بيمناك بوده‌