سرانجام آن مرجع بزرگ شيعه، پس از عمرى با بركت و سرشار از خدمات علمى و دينى، در سن ٩٦ سالگى و در اولين ساعات صبح شنبه ٢٧ ربيع الثانى ١٤٠٥ ه. ق/ ٢٩ دى ١٣٦٣ بدرود حيات گفت. با پخش خبر رحلت ايشان، موجى از غم و اندوه بر كشورمان سايه افكند، و صداى قرآن و بانگ عزا از راديو و مأذنه‌هاى مساجد و تكايا برخاست، و همه‌جا سياهپوش شد. از سوى دولت، در سراسر كشور عزاى عمومى اعلام شد، و حوزه‌هاى علميه- به مدت يك هفته- و بازار قم و تهران- تا ٣ روز- به صورت تعطيل درآمد. شاعران در رثايش اشعار فراوان سرودند، و مجالس بزرگداشت مقام علمى او تا مدتهاى بسيار در داخل و خارج كشور برگزار گرديد.

حضرت امام خمينى (ره) در پيام تسليت خويش فرمودند:

«بِسْمِ اللَّهِ الرَّحْمنِ الرَّحِيمِ‌ إِنَّا لِلَّهِ وَ إِنَّا إِلَيْهِ راجِعُونَ‌

خبر رحلت مرحوم مغفور آيت اللّه خوانسارى رحمت اللّه عليه موجب تأسف و تأثر گرديد. اين عالم جليل و بزرگوار و مرجع معظم كه پيوسته در حوزه‌هاى علميه و مجامع متدينه، مقام رفيع و بلندى داشت و عمر شريف خود را در راه تدريس و تربيت و علم و عمل به پايان رسانده، حق بزرگى بر حوزه‌ها دارد. چه اينكه با رفتار و اعمال خود و تقوا و سيره خويش پيوسته در نفوس مستعده، مؤثر و موجب تربيت بود. از خداوند

[١]. به نقل از آيت اللّه خرازى.