همچنين ايشان و مرحوم آيت اللّه شيرازى، در دوران مرجعيت عامه آيت اللّه بروجردى (ره) از باب احترام و تأدب، شهريه ايشان را مى‌پذيرفتند در حالى كه خود از مدرسان بزرگ و مشهور تشيع و بى‌نياز از آن بودند. همچنين ايشان براى آيت اللّه حكيم احترام عميقى قائل بود، از اين رو تأليفات ايشان را مطمح نظر قرار مى‌داد چنانكه بر كتاب منهاج الصالحين ايشان، تكمله، مبانى تكمله و تهذيب و تتميم نگاشت و همچنين «مستند العروة» را ناظر به «مستمسك العروة» مرحوم حكيم قرار دادند و بدينسان آراء و نظرات مرحوم آيت اللّه حكيم را در سطح حوزه‌هاى علميه مطرح نمودند.

جناب آقاى فقيه ايمانى داماد محترم ايشان مى‌گويد:

«زمانى رژيم بعث در پى ايذاء و آزار مرحوم آيت اللّه حكيم برآمده، و ايشان را از نجف به كوفه تبعيد كردند، و به خاطر اهانت به آن مرجع عاليقدر هرگونه رفت و آمد با ايشان را ممنوع كرده و متخلفان را دستگير و زندانى مى‌نمودند و در همين حال آيت اللّه خويى كه بيمار و بسترى و براى ادامه درمان به بيمارستان ابن سيناى بغداد منتقل شده بود پس از بهبودى كه عازم نجف بودند رژيم بعث براى آنكه زعامت و مرجعيت آيت اللّه حكيم را تضعيف نموده و تحت الشعاع قرار دهد به تمام قبايل و عشاير ساكن در طول مسير بغداد نجف دستور داده بود تا با برپايى جشن و سرور از موكب آيت اللّه فقيد استقبال نمايند.

آيت اللّه خويى اين معنى را فهميده و درصدد خنثى كردن نقشه رژيم برآمد، لذا با اينكه قرار بود شب جمعه از بغداد راهى نجف شوند، سحرگاه سه‌شنبه، پيش از اذان صبح، حركت كرده و هنگام اذان صبح به نجف رسيدند.

مردم و طلاب نجف كه ايشان را در حرم ديدند، بهت‌زده از خود مى‌پرسيدند: چرا آقا بدون اطلاع و بدون استقبال به نجف آمده‌اند. آيت اللّه فقيد پس از اداى نماز صبح و صرف صبحانه به سوى كوفه حركت كرده و