از فلسفه و حكمت را نزد پدر بزرگوارش و دايى‌اش حاج سيد على رضوى خوانسارى و ديگر علماى خوانسار فراگرفت، سپس در سال ١٣٤٠ ه. ق به قم آمد و نزد آيت اللّه حائرى يزدى و حضرات آيات: سيد ابو الحسن رفيعى قزوينى، ميرزا محمّد على شاه‌آبادى، شيخ محمّد رضا مسجد شاهى اصفهانى، حاج سيد محمّد تقى خوانسارى، حاج سيد احمد خوانسارى و سيد محمّد صادق اصفهانى و آيات عظام: ميرزاى نائينى و سيد ابو الحسن اصفهانى- در توقف هشت ماهه آنان در قم- زانوى ادب به زمين زد و فقه، اصول، فلسفه، كلام، حديث و رجال را فراگرفت. او از حواريون و اصحاب استفتاى آيت اللّه بروجردى و از اساطين حوزه علميه قم به شمار مى‌رفت. وى از مراجع بزرگ شيعه اجازه اجتهاد و روايت داشت و به بسيارى از علماى قم اجازه حديث بخشيده بود.[١]

از او تأليفاتى مانند: تقريرات درس فقه و اصول آيت اللّه حائرى، حاشيه بر درر الاصول و وسيلة النجاة، و كشكولى به نام الجواهر المودعة و الذخائر الرهينة- كه نسخه اصل آن به شماره ١٤٨٤ در كتابخانه آستان قدس رضوى است- و كتابى در اصول عقايد به نام الديانة الاسلامية برجاى ماند.

وى در صبح جمعه، ١٨ جمادى الثانى ١٤١٣ ه. ق/ ٢٤ مهر ١٣٧١، در سن ٩٢ سالگى درگذشت و در مسجد بالاسر حرم حضرت معصومه عليها السّلام- جايى كه سالها در آنجا اقامه جماعت صبح مى‌كرد- به خاك سپرده شد.

آيت اللّه گلپايگانى در پيام تسليت فقدان اين مرد بزرگ چنين مرقوم فرمودند:

«رحلت عالم ربانى آيت اللّه آقاى حاج سيد مصطفى خوانسارى- طاب ثراه- كه عمرى را در خدمت به اسلام و مسلمين و احياى تراث اهل بيت عصمت عليهم السّلام سپرى نمود، موجب تأثر و تأسف گرديد».[٢]

[١]. استادى، هزار و پانصد نسخه خطى، ١٢- ١٣.

[٢]. انصارى قمى، مجله آيينه پژوهش، شماره ١٥، ١١٢- ١١٣؛ شريف رازى، آثار الحجه، ج ٢، ٧٦-- و ٢٩٢؛ همو، گنجينه دانشمندان، ج ٢، ١٣٨؛ استادى، فهرست هزار و پانصد نسخه خطى، ١١- ١٥؛ همو، مجله پيام حوزه، شماره ٢، ٧٨.