مرحوم آقا در سفر اولشان به ايران (سال ١٣٥٣ ه. ق) قرار بر آن نهاد تا مدتى را در تهران، ميهمان مرحوم آيت اللّه حاج سيد احمد نخجوانى بوده و ضمنا جلسه معارفه‌اى با ايشان با حضور علما و تجار برگزار شود. پس از گذشت چند روز، ناگهان مرحوم آيت اللّه خويى اعلام داشتند كه من بايد به نجف بازگردم و لذا روز پنجشنبه برايم بليط برگشت تهيه نماييد.

مرحوم آقاى نخجوانى هرچه اصرار كردند كه بمانيد تا اين جلسه معارفه با توجه به اين مقدمه چينى‌ها برگزار شود فايده نبخشيد و آقا بر مراجعت پافشارى مى‌كردند وقتى علت را جويا شدند، فرمود:

«شنيده‌ام آقاى نائينى روز شنبه درس را آغاز مى‌كند و من بايد صبح بر سر درس حاضر باشم» و به خاطر همين از آن جلسه مهم صرف‌نظر مى‌نمايد و به خاطر از دست ندادن چند جلسه درس مرحوم ميرزاى نائينى به نجف بازمى‌گردد.

مشايخ روايت‌

مرجع فقيد از جمعى از بزرگان، اجازه نقل حديث دريافت داشته و توسط آنان كتابهاى دانشمندان شيعه و سنى را روايت مى‌كند يكى از اين طرق، اجازه مرحوم ميرزاى نائينى است، خود ايشان مى‌نويسد:

«يكى از مشايخ اجازه من، مرحوم نائينى بوده كه وسيله ايشان از استادش مرحوم محدث نورى به طرقى كه در مواقع النجوم (خاتمه كتاب مستدرك الوسائل) مسطور است كتابهاى اماميه از: كافى، فقيه و تهذيب و استبصار و نيز وسائل و بحار و وافى و ديگر كتابها را روايت مى‌نمايم».[١]

[١]. خويى، معجم رجال الحديث، ج ٢٢، ص ١٨.