زمانى بر مسند تدريس نشست و به تربيت و پرورش صدها عالم و دانشمند فرزانه پرداخت و زمانى ديگر دست به قلم برد و به تصنيف و تأليف در تفسير و كلام، فقه و اصول و رجال پرداخت. اين همه با توجه به اشتغالات گوناگون ايشان از هنگام تدريس سطوح تا روزهاى آخر زندگانى پربارش، و آن همه گرفتاريها و مسئوليتهاى مختلف زعامت و مرجعيت، چشمگير و قابل توجه است.

رهبر معظم انقلاب حضرت آيت اللّه خامنه‌اى در آغاز درس خارج فقه خويش (سال ١٤١٣ ه. ق) فرمودند:

«بايد ياد نيكى از عالم بزرگوار و مرجع عظيم الشأنى كه اخيرا رحلت كردند يعنى مرحوم آيت اللّه العظمى آقاى خويى بكنيم ما به ايشان نه از ديد يك مرجع، بلكه از ديد يك محقق، مؤلف و مدرس موفق نگاه مى‌كنيم. آنچه كه درباره اين بزرگوار و امثال ايشان غالبا بعد از وفات صحبت مى‌شود جنبه‌هاى مربوط به مرجعيت اين بزرگواران است در حالى كه آنچه در زندگى اين افراد و شخصيتهاى برجسته، اهم است خصوصياتى است كه مستقيما به مرجعيت آنها، مربوط نيست بلكه مى‌شود گفت مرجعيت آنها ناشى از آن خصوصيات است و آن همان جنبه علمى، تحقيقى تدريسى و كار موفق و پيگير آنان در اين زمينه است اگر شما به زندگى اين بزرگوار نگاه كنيد مى‌بينيد حداقل در سه رشته علمى و درس مهم داراى فرآورده‌هاى تحقيقى هستند كه يكى فقه ديگرى اصول و سومى رحال است. اين همه كتابهاى فقهى و اصولى كه شاگردان ايشان نوشته‌اند