صبح شنبه ٢٦ جمادى الثانى از اولين ساعات بامداد يكايك مردم عزدار شهرستان قم و شهرهاى دور و نزديك (كاشان، اصفهان، تهران، گلپايگان، ارك، ساوه، همدان، ملاير، آشتيان، محلات، گرگان، سارى و ...) راهى محل برگزارى تشييع- مسجد امام حسن مجتبى عليه السّلام، در مدخل ورودى شهر- شده بودند.

قم در آن روز شاهد باشكوهترين تشييع جنازه يك مرجع تقليد بود. درياى مواج انسانها در خيابانهاى قم به حركت درآمده بود. همه سياهپوش و غرق ماتم و با چشمانى اشكبار نوحه سرداده بودند و به امام زمان و مقام رهبرى تسليت مى‌گفتند. سرانجام بدن شريف آن مرد الهى پس از ٤ ساعت به حرم مطهر حضرت فاطمه معصومه عليها السّلام رسيد. و پس از نمازى باشكوه توسط خيل عزاداران به امامت آيت اللّه حاج شيخ لطف اللّه صافى گلپايگانى در مسجد بالاسر حضرت معصومه و در جوار تربت پاك استادش مرحوم آيت اللّه العظمى حاج شيخ عبد الكريم حائرى به خاك سپرده شد.

در پى ارتحال آن مرجع عاليقدر از سوى رهبر معظم انقلاب پيام تسليتى به اين شرح صادر شد:

بسم اللّه الرحمن الرحيم «إِنَّا لِلَّهِ وَ إِنَّا إِلَيْهِ راجِعُونَ‌ با تأسف و اندوه فراوان، خبر مصيبت‌بار فقدانى بزرگ و جبران‌ناپذير را دريافت كردم.

عالم بزرگ، فقيه نام‌آور، مرجع تقليد عظيم الشأن، عبد صالح و تقى نقى زكى، آيت اللّه العظمى آقاى حاج سيد محمّد رضا گلپايگانى- قدس اللّه نفسه و اعلى اللّه مقامه- دار فانى را وداع كردند و پس از عمرى مشحون از حسنات با نامه عملى سرشار از خيرات و مبرات، دعوت معبود را لبيك گفته به پيشگاه محاسبه الهى شتافتند.