آرى آيت اللّه فقيد يكه و تنها در برابر اذيت و آزارهاى رژيم بعث ايستاده و سالهاى سخت و سياه دوران جنگ تحميلى و پس از آن، زندانى شدن و به شهادت رسيدن ياران خود را تحمل كرد، اما حوزه را از خطر نابودى نگاه داشت. اينك پس از وفات آن زعيم بزرگ دست نياز به درگاه خداوند، بلند نموده و حيات و بقاء حوزه نجف را خواستاريم.

از ديگر تأثيرات وجودى آيت اللّه خويى در حوزه علميه نجف، احياء و رواج درس تفسير و علم رجال بود. هرچند پيش از معظم له برخى از بزرگان حوزه همچون حضرت آيات: علامه شيخ محمّد جواد بلاغى و مرحوم شيخ عبد الحسين رشتى در دانش تفسير قلم زده و به آن اهميت مى‌دادند ولى هنوز در عداد علوم رايج حوزه و در رديف فقه و اصول قرار نگرفته بود، حتى زمانى فرارسيد كه به غير از فقه و اصول در حوزه علمى نجف هيچ دانش ديگرى تدريس نمى‌شد، نه رجال و درايه و نه تفسير و فلسفه. و اين آيت اللّه خويى بود كه با تدريس تفسير و احياء دوباره علم رجال اين دو دانش ارزنده را از گوشه انزوا به درآورده و آن را در شمار علوم رسمى حوزه قرار داد.

يكى ديگر از آثار ايشان در حوزه نجف رايج نمودن نگارش تقريرات بود.

مجلس درس باعظمت ايشان مالامال از علما و فضلا بود و ترغيب و تشويق آنان به نگارش تقريرات از طرف استاد و نظر دقيق و تأييد وى در برخى از آن نوشتجات، باعث شد تا اغلب شركت‌كنندگان دست به قلم برده و تقريرات درسهاى فقه و اصول و تفسير ايشان را بنويسند.

پيشتر گفتيم كه ايشان يكى از مهمترين عوامل حركت علمى در حوزه معاصر نجف بوده و درس ايشان تأثير بسيارى بر درسهاى ديگر نجف مى‌نهاد، و همين رواج نوشتن تقريرات در درس ايشان سبب شد تا شاگردان ديگر بزرگان حوزه نجف‌