آيت اللّه فقيد از سال ١٣٦٥ ه. ق كه محفل درسش يكى از پررونق‌ترين و برترين محافل علمى حوزه نجف شده بود، تأثير خويش بر اين حوزه استوار و شكوهمند را آغاز كرد. تشنگان علم و دانش براى استفاده از درس آيت اللّه خويى از هر سو رو به نجف نهاده و بر شكوه و عظمت حوزه نجف افزودند.

ايشان زعامت علمى حوزه را برعهده گرفته و دانش دين در آن شهر علم امير المؤمنين بر محور آن مرجع بزرگ مى‌چرخيد. وقتى درس او براى مدتى تعطيل مى‌شد، اثر محسوس و آشكارى بر حوزه مى‌گذاشت و با شروع درس ايشان روح نشاط در كالبد حوزه دميده مى‌شد.

همچنين نقش ارزنده و بسيار مهم آيت اللّه خويى در جهت حفظ و صيانت حوزه هزار ساله نجف از گزند حوادث شوم و اتفاقات ناگوار، ناشى از هجوم رژيم ددمنش و كفرپيشه بعث عراق، چيزى نيست كه بر كسى مخفى مانده باشد.

رژيم الحادى بعث كه همواره وجود اين حوزه پرشكوه و با عظمت را مانعى در برابر عملكرد شيطانى خود احساس مى‌كرد و مى‌ديد كه از همين حوزه بود كه فرياد الشيوعية كفر و الحاد[١] برخاست؛ با تمام توان مترصد از بين بردن آن بود، اما وجود زعما و مراجع بزرگ حوزه نجف چون حضرات آيات عظام: امام خمينى، حكيم، خويى، شاهرودى و شيرازى رحمة اللّه عليهم را در برابر خود سدهايى استوار و مانعى مستحكم مى‌يافت.

با وفات آيات عظام: سيد عبد الهادى شيرازى، سيد محسن حكيم و سيد محمود شاهرودى و مهاجرت حضرت امام خمينى قدس سره از حوزه نجف، رژيم بعث كه صحنه را از معارض خالى ديده بود، با تمام توان درصدد انهدام و فروپاشى‌

[١]. فتواى مرحوم آيت اللّه حكيم درباره حزب بعث و مرام آن.