منهاج رساله عمليه مرحوم آيت اللّه حكيم بوده، كه معظم له با آراء خود منطبق نموده و بر آن تكمله‌اى نيز نگاشته است.[١] اين تكمله شامل كتابهاى: قضاء، شهادات حدود، قصاص، و ديات و به روش كتاب «عروة الوثقى» است.

١٠. مبانى تكملة منهاج الصالحين، ٢ جلد

اين كتاب در مباحث حقوق جزايى از ديدگاه اسلام، يكى از برترين و ارزنده‌ترين كتابهاى مورد استناد است.

١١. تهذيب و تتميم منهاج الصالحين، ٢ جلد

١٢. المسائل و الردود (مجموعه فتاوى)

١٣. مستحدثات المسائل‌

شامل برخى از مسائل جديد و مورد ابتلاء كه از ايشان پرسش شده بود.

١٤. توضيح المسائل‌

١٥. منتخب توضيح المسائل‌

١٦. منتخب الرسائل‌

١٧. تلخيص المنتخب‌

اين كتاب گزيده‌اى از «المسائل المنتخبه» است.

١٨. تعليقة المنهج لأحكام الحج‌

١٩. مناسك حج‌

به دو زبان عربى و فارسى نگاشته شده است.

٢٠. منية السائل (مجموعه فتاوى)

و آنچه تاكنون به چاپ نرسيده است:

٢١. ازالة المحادة عن ملك المنافع المتضادة

اين رساله در ١٣٥١ ه. ق به امر ميرزا على آقا شيرازى نوشته شده است.[٢]

[١]. همان، ج ٢٣، ص ١٦٣.

[٢]. تهرانى، الذريعة، ج ١، ص ٥٣٠.