ديگر از اجازات ايشان، اجازه روايى علامه سترگ آيت اللّه سيد عبد الحسين شرف الدين عاملى صاحب المراجعات (م ١٣٧٧ ه. ق) بوده كه وسيله ايشان كتابها و تأليفات دانشمندان اهل سنت را روايت مى‌نمايد.

هم بحثهاى ايشان‌

مرحوم آيت اللّه خويى هنگام تحصيل ظاهرا دروس فقه و اصول را با اين بزرگان مباحثه مى‌كردند:

مرحوم آيت اللّه ميلانى (م ١٣٩٥ ه. ق) مرحوم آيت اللّه علامه سيد محمّد حسين طباطبائى (م ١٤٠٢ ه. ق)، مرحوم آيت اللّه آقا سيد صدر الدين جزائرى، مرحوم آيت اللّه حاج شيخ على محمّد بروجردى (م ١٣٩٥ ه. ق)، مرحوم آيت اللّه حاج آقا حسين خادمى اصفهانى (م ١٤٠٥ ه. ق) و مرحوم آيت اللّه سيد محمّد حسينى همدانى (م ١٤١٧ ه. ق).

خاطره‌اى از دوران تحصيل‌

آيت اللّه حسينى همدانى مى‌فرمايد:

«هنگامى كه آيت اللّه خوئى در نجف مشغول تحصيل بودند، برادر خانم ايشان مرحوم ميرزا آقا- كه مرد بسيار محترمى بود- سالى دو مرتبه، هر دفعه مبلغ ششصد روپيه، براى ايشان حواله مى‌فرستاد. با اين مبلغ اصول اوليه زندگى ايشان روبراه مى‌شد. يك روز من در نجف به ايشان برخوردم به من فرمودند:

مدت زيادى بود كه دست تنگ بوديم و خيلى در فشار و ناراحتى به سر مى‌برديم امروز من براى شستشو لباسم را تعويض كردم، خانواده در جيب لباس من نامه‌اى را از برادرش مى‌بيند. نامه را به من نشان داد. يادم آمد كه حدود بيست و هشت روز قبل، اين نامه رسيده و در آن حواله ششصد روپيه است. اين مدت با وجود اين حواله و آن همه فشار و ناراحتى اقتصادى، من چنان سرگرم درس و بحث بودم كه بكلى موضوع نامه را فراموش كرده بودم».