آنگاه دوباره تحت پيگرد قرار گرفت، اما او به لبنان گريخت تا به اروپا رود. اما در آن‌جا غارتگران نفت ايران، فرزندم را از بيرون به ايران بازپس آوردند و در قزل قلعه زندانى نموده و آن را به گونه پيروزى بر دشمن در روزنامه‌هاى ٢٠ جمادى الثانى ١٣٧٤ ه. ق اعلام كردند.

و پس از انجام شكنجه‌هاى گوناگون، عاقبت در عصر جمعه ٢٤ جمادى الثانى در زير شكنجه جان داد. اما هيچ كلمه‌اى كه به خائنين، در خيانتشان به وطن كمك نمايد بر زبان نياورد: «وَ سَيَعْلَمُ الَّذِينَ ظَلَمُوا أَيَّ مُنْقَلَبٍ يَنْقَلِبُونَ‌».

از وى سه جلد كتاب در دامپزشكى، مخطوط و كتابى بنام «ديپلماسى امپرياليستى و سوسياليستى و مقايسه آن دو با يكديگر» (چاپ تهران، سال ١٣٣١، ١١٠ صفحه) به جاى مانده است».

شيخ آقابزرگ، سپس مى‌نويسد:

«اين تفصيل را از آن جهت نگاشتم، تا آيندگان بدانند كه استعمارگران مغرب زمين بر سر ملت ما چه آوردند؟ و من پس از ٨٠ سال زندگانى كه در خدمت به ملت و مذهبم گذرانيدم، چه پاداشى يافتم؟ در اينجا بيش از اين نمى‌توانم تفصيل آنچه را كه استعمارگران بر سر جوانان خاورميانه و مردان روحانى و علمى آن آوردند بنگارم. اين اندازه مى‌گويم كه هزاران تن را يا كشتند و يا در سياهچالها به شكنجه كشيدند و يا به زندانهاى صحرايى تبعيد كردند و آنان را با چنان شكنجه‌هاى وحشيانه شكنجه كردند كه از شنيدن آن روح انسانيت درهم مى‌پيچد و با همين كارها بود كه توانستند قانون ملى شدن نفت را در ايران ملغى كنند و ملل خاورميانه را در بند پيمان بغداد اسير سازند: «إِنَّا لِلَّهِ وَ إِنَّا إِلَيْهِ راجِعُونَ».[١]

[١]. تهرانى، الذريعة، ج ١٠، ص ١٦٧.