سرانجام، آن فقيه بزرگ شيعه پس از ٨١ سال زندگى كه بيش از ٧٠ سال آن به تحصيل، تأليف، تدريس، عبادت و قضاى حوايج مردم سپرى شده بود، در يكشنبه ششم شوال ١٣٥٣ ه. ق بدرود حيات گفت. با وفاتش، اصفهان غرق ماتم و اندوه شد. در روز هفتم شوال، با شركت هزاران نفر از علما و مردم، پيكر پاكش از مسجد حكيم به طرف زينبيه منسوب به امامزاده زينب خاتون فرزند امام كاظم عليه السّلام تشييع و در آن مكان مبارك به خاك سپرده شد.[٢] مراسم بزرگداشت مقام علمى و عملى او، تا مدت زيادى در حوزه‌هاى علميه اصفهان و قم برگزار، و مراثى فراوان در سوگش سروده شد.

برادرزاده آيت اللّه دهكردى، آيت اللّه سيد محمّد باقر امامى نجفى، در رثاى عمّ خود چنين سرود.[٣]:

آن كه بُد مدهوش لطفش عقل و هوش‌		تا چه شد بشنيد او كه ناگه شد خموش؟
آن‌كه همچون شمع نور جمع بود		نوربخش رهروان چون شمع بود
گشت خامش همچون شمع اندر لگن‌		از دم اطف السراج بو الحسن‌
گشت خامش شمع جمع اهل راز		شد جماعت بى‌امام اندر نماز

[١]. معلم حبيب‌آبادى، مكارم الآثار، ج ٦، ص ٢٠١٠.

[٢]. مرعشى، المسلسلات فى الاجازات، ج ٢، ص ٣٢.

[٣]. نيكزاد، شناخت سرزمين چهارمحال، ج ٢، صص ٢٠- ٢١.