آيت اللّه شمس‌آبادى پس از سالها مبارزه عليه بدعتها و انحرافها، و روشنگرى حقايق سرانجام مورد بغض و كينه عده‌اى لجوج، عنود و منحرف از دين قرار گرفت و در تاريخ ١٨ فروردين ١٣٥٥، در ٧٨ سالگى به درجه رفيعه شهادت نايل آمد.

مرحوم آيت اللّه سيد اسماعيل هاشمى مى‌گويد:

«يكى از علمايى كه پس از آزادى ما از دست ساواك اصفهان، اصرار زيادى به توقف ما در اين شهر داشتند. شهيد مرحوم آيت اللّه سيّد ابو الحسن شمس‌آبادى بودند، ايشان پس از هجرت به اصفهان، يكى از مساجدشان (مسجد جعفر طيار- در خيابان خلجا كه نزديك به منزلشان بود) را به بنده واگذار نمودند، در كنار آن در هر هفته، چند جلسه مشترك با ايشان و جمعى از علماى ديگر داشتيم. يكى جلسه بحث علمى و فقهى و ديگرى جلسه رسيدگى به مسائل شهر بود. آخرين خاطره‌اى كه از ايشان در ذهن دارم مربوط به يك روز قبل از شهادت ايشان مى‌شود. چند روزى بود كه ايشان در مسافرت عمره به سر مى‌بردند و با آن شرايط بحرانى كه دسته سيّد مهدى هاشمى به وجود آورده بودند همگى نگران حال ايشان بودند.

عصر روز قبل از شهادت ايشان، به طرف منزلشان رفتم تا از ايشان سراغى‌

[١]. مهدوى، تحفة الابرار، ج ٢، ص ٥٢٦.