بسيارى از فقيهان بر وجوب جهاد با اهل بغى به آيه ٩ سوره حجرات استدلال كرده‌اند:
وَإِنْ طَائِفَتَانِ مِنَ الْمُؤْمِنِينَ اقْتَتَلُوا فَأَصْلِحُوا بَيْنَهُمَا فَإِنْ بَغَتْ إِحْدَاهُمَا عَلَى الْأُخْرَى‌ فَقَاتِلُوا الَّتِي تَبْغِي حَتَّى‌ تَفِي‌ءَ إِلَى‌ أَمْرِ اللَّهِ فَإِن فَاءَتْ فَأَصْلِحُوا بَيْنَهُمَا بِالْعَدْلِ وَأَقْسِطُوا إِنَّ اللَّهَ يُحِبُّ الْمُقْسِطِينَ «١» عبارت «فَقَاتِلُوا الَّتِي تَبْغِي حَتَّى‌ تَفِي‌ءَ إِلَى‌ أَمْرِ اللَّهِ» بر وجوب جنگ با بغات تا گردن نهادن به حكم الهى دلالت دارد. فاضل مقداد با اين استدلال كه بغات كافرند و اين آيه در باره مؤمنان است، معتقد است كه اين آيه در باره بغات نيست و كاربرد واژه «بغى» در آن، مستلزم اين نيست كه مراد از آن همان بغات معهود در فقه باشد، بلكه اين واژه در معناى لغوى يعنى تعدى و تجاوز به كار رفته است. «٢» در پاسخ گفته شده كه كاربرد واژه «مؤمنين» در باره بغات- بنا بر ظاهرشان (كه ادعاى ايمان دارند) يا بنا بر اعتقاداتشان پيش از بغى- مجازى است؛ چنان‌كه در آيات ٥ و ٦ سوره انفال نيز لفظ مؤمنين به كار رفته و مراد از آن منافقين است. «٣» فاضل مقداد، خود، به آيه ٥٨ سوره نساء، و آيه ٧٤ سوره توبه بر وجوب قتال با اهل بغى استدلال كرده است.
البته بايد توجه داشت كه كافر بودن بغات بنا بر اين است كه مراد از امام عادل، امام معصوم باشد، چه اينكه باغيان با خروج بر امام معصوم، منكر عصمت او مى‌شوند، امّا كافر دانستن خروج‌كنندگان بر فقيه جامع‌الشرايط مشكل مى‌نمايد، زيرا حداكثر منكر عدالت اويند و اين موجب كفر نمى‌شود.
روايات چندى بر وجوب جنگ با باغيان دلالت دارد. از مهم‌ترين آنها، روايت مشهور «اسياف» است. در اين روايت، امام صادق (ع) از امام باقر (ع) نقل مى‌كند كه خداوند متعال پيامبر (ص) را با پنج شمشير برانگيخت كه يكى از آنها شمشير بر ضد اهل بغى و تأويل است‌