امّا اين تصور نادرست است. علّامه طباطبائى در پاسخ به اين پندار مى‌گويد: «عبارت لِيَسْتَخْلِفَنَّهُمْ فِى الْأَرْضِ با اين توهم سازگار نيست، زيرا لازمه استخلاف اين است كه بعضى از بين بروند و يا از مكانى كه مستقر بودند، برچيده شوند و عدّه‌اى ديگر جايگزين آنان گردند و در اين تعبير، اشاره‌اى است به قتال و جهاد». «١» بنابراين، جهاد ابتدايى از مهم‌ترين راههاى استقرار حاكميّت دين خدا است.
از آيات ديگرى كه مى‌توان از آن براى تقويت نظريه علت بودن حاكميّت شرك و كفر در جهاد ابتدايى استمداد جست، آيه شريفه «و قاتلوهم حتى لا تكون فتنه و يكون الدّين لله» است. در اين آيه، جهاد تا تحقّق غايت آن يعنى «رفع فتنه» واجب شده است. فتنه به گفته برخى مفسّران به قرينه «و يكون الدّين لله» به معناى شرك است. «٢» در اين آيه، غايت، نفى شرك است نه مشركان، و چون تحميل اسلام به مشركان منتفى است، مراد از «يكون الدين للّه» استقرار حاكميّت اسلام است. از اين رو، مراد از نفى شرك، نفى حاكميّت شرك است.
همچنين آيه جزيه كه در آن، غايت حكم جهاد با اهل كتاب، پرداخت جزيه با حالت خضوع است، گواهى ديگر بر اين نظريه است، زيرا در عبارت «حتّى يُعطُوا الجِزْيَةَ عَنْ يَدٍ وَ هُمْ صاغِرونَ»، «عن يدٍ» كنايه از قدرت و سلطه مسلمانان و «هم صاغرون» كنايه از پذيرش حاكميّت دين اسلام به‌وسيله اهل كتاب است. «٣» نكته ششم: آياتى ديگر كه در نظريه اصالت جنگ يا صلح داراى اهميتى بسيار است، آيات صلح است. در باره ارتباط ميان آيات مطلق جهاد و آيات صلح چند احتمال به ذهن مى‌رسد:
يك- آيات مطلق جنگ ناسخ آيات صلح باشند. اين احتمال حتّى از نظر كسانى كه مى‌توان نظريه اصالت جنگ را بدانان نسبت داد، پذيرفته نيست، زيرا آنان معتقدند كه ميان اين دو دسته از آيات مى‌توان جمع كرد. اين گروه، آيات صلح را بر صلح موقت يعنى هدنه حمل مى‌كنند و صلح دائم را با مشركان مشروع نمى‌دانند. «٤»