و من كتبه المشهورة كتابه هذا- المباحثات- و قد اشتهر لدى الباحثين و الناقدين لآراء الشيخ، رغم صغر حجمه و عدم الترتيب و التبويب فيه؛ و لو ذهبنا لنجد نظيرا له من كتب الشيخ فأشبه شي‌ء به كتابه التعليقات، فانهما استرضعا من ثدي واحد. إذ لم يكن شأن الشيخ فيهما القصد إلى تأليف كتاب، بل هما مجموعة جوابات و كلمات مأخوذة منه، جمعهما تلميذه الخاص بهمنيار بنفسه، أو بمعاونة تلميذة الآخر ابن زيلة كما سنشير إليه.

و الكتاب مما لا شك في نسبته، فقد ذكره أولا الجوزجاني‌ [٧] عند سرد أسامي تأليفاته حيث قال: «... و كتاب المباحثات مجلدة ...» و هذا الفهرس من المصادر الرئيسية في عد تأليفات الشيخ الرئيس، لكون الجوزجاني ملازما للشيخ و منادما له خلال خمس و عشرين سنة حتى في أسفاره المختلفة، و حينما كان الشيخ مشتغلا بهذه التأليفات؛ ثم إن الكتاب كان مشتهرا لدى الباحثين عن آراء الشيخ الرئيس، كالفخر الرازي و الخواجة نصير الدين الطوسي و صدر المتألهين الشيرازي و غيرهم‌ [٨]. و الشيخ أورد أحيانا اسماء كتبه فيه كالإشارات و الشفاء

[٦] ألف جورج قنواتي فهرسا لتأليفات الشيخ و أوصل رقم الكتب و الرسائل إلى (٢٧٦) عددا. ثم ألف الدكتور يحيى مهدوي كتابه «فهرست نسخه‌هاى مصنفات ابن سينا» و أورد فيه (١٣١) كتابا و رسالة صحيح النسبة إلى الشيخ و (١١٠) أثرا مشكوكا أو منحولا إليه.

[٧] سيرة الشيخ الرئيس.

[٨] لم يكن الكتاب عند صدر المتألهين كما صرح بذلك في كتابه الأسفار الأربعة.

و الأظهر أن اتصاله بهذا الكتاب كان بما نقله الفخر الرازي في كتابه المباحث المشرقية.