و تختلف مع القسم الأول في السياق، كما انها تنقص عنه شيئا؛ إذ أنها تشرع بالمباحثة الرابعة- و لا يوجد فيها ما في صدر الرسالة من الرقم (١٢٧) إلى آخر (١٤١) و جاء بدلا من هذا كله:

«بسم الله الرحمن الرحيم. رب يسّر بلطفك العميم. الحمد لله واهب العقل، مفيض العلم، و الصلاة على رسله، خصوصا على محمد و آله ...».

ثم جاء الرقم (١٤٢) «ما معنى العقل بالقوة ...» إلى آخر الرقم (٢٦٦) و ذلك يطابق الورقة (١٦ ب- ٢٣ آ) منها. و من هنا كتبت المباحثة الاولى «وصل للشيخ عدة كتب ...» الرقم (١) إلى آخر الرقم (٣١) و ذلك يطابق الورقة (٢٣ آ- ٢٥ ب). و هنا انتقل إلى الرقم (٢٦٧) إلى اخر الرقم (٣٠٩) و ذلك يطابق الورقة (٢٦ آ- ٢٧ ب). ثم كتبت المباحثة الثانية، الرقم (٣٢) «وصل كتاب الشيخ الفاضل ...» إلى آخر المباحثة، الرقم (٤٦). و يطابق الورقة (٢٧ ب- ٢٩ آ).

ثم يوجد الرقم (٣١٠) إلى آخر الرقم (٣٩٦) و يطابق الورقة (٢٩ آ- ٣٣ ب) منها. ثم تشرع المباحثة الثالثة، الرقم (٤٧) «وصل خطاب الشيخ الفاضل ...» إلى آخر المباحثة، الرقم (١٢٦) و يطابق الورقة (٣٣ ب- ٣٩ ب) ثم تشرع المباحثة السادسة و لا يوجد فيها ما في صدر الرسالة و تشرع بالسؤال الرقم (٤٠٠) إلى آخر الرقم (٧٨٧) و يطابق الورقة (٣٩ ب- ٦٧ آ) و بقية المباحثة السادسة غير موجودة فيها. و جاء في آخر الرسالة:

«هذا آخر الموجود من هذا الكتاب تم كتاب المباحثات المعروف‌