چنان كه مشهور است، اسامى سوره ها توقيفى مى باشد. وى درباره نامگذارى گروهى از سوره هاى قرآن به: سبع طوال، مئين، مثانى، حواميم، ممتحنات و فصلت مى نويسد: «بدان كه سوره قرآن را، هرچند سوره را نامى مخصوص است و آن جمله در خبرى جامع است...». و در نامهاى فردى سور نيز اسامى بعض سور را ذكر كرده و وجه تسميه هر يك را نيز بيان داشته و اين را نيز توقيفى دانسته است: «بدان كه اين سوره [فاتحة الكتاب] را ده نام است: فاتحة الكتاب، و ام الكتاب، و ام القران، و السبع المثانى، والوافية، والكافيه، و الشافية، و الاساس، و الصلوة و الحمد. و هر يك از خبرى و اثرى گرفته اند؛ فاتحة الكتاب براى آن خوانند كه اول كتاب است و افتتاح كتاب با اوست...». همچنين در مورد تعداد سوره ها در خاتمه تفسير بيان مى دارد: «و عدد سوره ها ١١٤ سوره است و به روايتى از اصحاب، ١١٢ سوره است». البته در تمام مصاحف صحابه، تمام قرآن كريم موجود بوده و نبودن سوره حمد يا معوذتين در بعض مصاحف، در صورت صحت، به دليل مشهور بودن اين سوره ها بوده است.

معناى آيه

ابوالفتوح بر آنها آيه چهار معنا ذكر كرده است: «اما آيت، علامت باشد، من قولهم: آية كذا و كذا، اى علامته. و از اينجا است آنكه خداى تعالى حكايت كرد از عيسى در ذكر مائده «تَكُونُ لَنا عِيداً لِأَوَّلِنا وَ آخِرِنا