هنگام پرداختن به مباحث قرآنى و آيات، از نكات تربيتى سخن گفته است. برخى از قصص نيز در قرآن آمده است كه مفسرين آن را ذكر مى كنند و نتايجى را مى گيرند. ابوالفتوح نيز در لابه لاى تفسير عظيم خود به اين قصص و داستانها توجه داشته و آنها را ذكر كرده است؛ مباحثى چون: توبه، قضا و قدر، جبر و اختيار، محدث و قديم بودن كلام خدا، ايمان و توحيد از مباحث فكرى ديگرى است كه مفسر مفصل به آنها پرداخته است. مباحثى چون: طلاق، ديه، نكاح، نماز، حج، ارث، جهاد و ربا و... از نكات ديگر ذكر شده در تفسير است. در دوره اى كه تفسير ابوالفتوح تأليف شده است، اغلب علوم قرآنى، مانند علم قرائت، علم تفسير، علم حديث، فقه و كلام، بسيار مورد نظر علماى اسلام بود و فلسفه و عرفان را نيز بايد به اين مباحث افزود. بى شك اين علوم در زمينه هاى فكرى مفسرين، از جمله ابوالفتوح، مؤثر بوده است. به هر حال، با توجه به اين نكته كه اغلب تفاسير متقدم و معاصر شيخ بر مشرب اهل تسنن بوده است، اقدام شيخ به نگارش اين تفسير توأم با نوآوريها و ابتكارهاى بسيارى بوده است كه قبل از كار او سابقه نداشته است. بنابراين سبك و روش كار شيخ از اين جهت نيز در خور توجه و تأمل است. طرح مباحث انتقادى در برخى از داستانها و قصص، يكى ديگر از ويژگيهاى اين تفسير است. اين ويژگى نشانگر آن است شيخ در ذكر و پذيرش نقلها و داستانها چشم بسته عمل نكرده؛ بلكه با انديشه و تفكر، درست و غلط را از هم بازشناخته و پس از اطمينان از قطعيت و صحت نقل و داستان، به ذكر آن پرداخته است.