بحث علمى و دينى تأكيد شده بود، اجتهاد دينى و نوانديشى علمى و جنبش نرم‌افزارى براى توليد انبوه علم در حوزه و دانشگاه را جزء آرمانهاى اصلى انقلاب دانستند و همه را بر آزادانديشى توأم با انضباط و گفتگوى با اخلاق دعوت نمودند.

ايشان آزادى تفكر، قلم و بيان را نه يك شعار تبليغاتى، بلكه از اهداف اصلى انقلاب اسلامى ناميده‌اند و به منظور نهادينه كردن آزادى تفكر و قلم پيشنهاد تشكيل سه كرسى علمى را دادند: ١- كرسى نظريه‌پردازى؛ ٢- كرسى پاسخ به سؤالات و شبهات؛ ٣- كرسى نقد و مناظره.

اين دستورالعمل رهبرى به «منشور گفتمان انقلاب» معروف شد.

آزادى مخالفين: از ديدگاه اسلام حتى مخالفين انديشه دينى و پيروان ساير نظريه‌ها و مكتبها مانند اهل كتاب از آزادى كامل برخوردارند.[١] استاد مطهرى به عنوان تئوريسين نظريه مردم‌سالارى دينى مى‌گويد: «شما كى در عالم ديده‌ايد كه در مملكتى كه همه مردمش احساسات مذهبى دارند به غير مذهبيها آن اندازه آزادى بدهند كه بيايند در مسجد پيامبر (ص) در مكه بنشينند و حرف بزنند، خدا را انكار كنند، منكر پيامبرى پيامبر بشوند، نماز و حج و ... را رد كنند، اما معتقدان مذهب با نهايت احترام با آنها برخورد كنند. در تاريخ اسلام نمونه‌هاى درخشان فراوان مى‌بينيم و به دليل همين آزاديها بود كه اسلام توانست باقى بماند». (مطهرى، بى‌تا، ص ١٩)

استاد شهيد، در مورد سيره علوى در برخورد با مخالفين مى‌گويد: «در زمان خلافت امام على (ع)، متخلفين از بيعت و همچنين خارجين از بيعت (خوارج) و كسانى كه شخص او را تكفير و تضليل مى‌كردند. مزاحم نمى‌شد و حتى سهم بيت‌المال آنها را قطع نكرد تا چه رسد كه امنيت مالى و جانى آنها را تهديد كند.

براى اينكه همه بدانند قدرت حاكمه نبايد و نمى‌تواند جلو اظهار رأى و عقيده آنها را بگيرد». (مطهرى، ١٣٧٨، ج ١، ص ١٢١)

فصل پنجم: حقوق متقابل مردم و مسئولان در نظام مردم‌سالارى دينى‌

از مباحث مهم در باب حكومت مردم‌سالارى دينى، بحث حقوق متقابل مردم و

[١] - البته بايد توجه داشت كه آزادى مورد سوءاستفاده قرار نگيرد و به اسم آزادى، آزادى را ذبح نكنند وكسانى را آزادى را بستر و زمينه توطئه و ايجاد هرح و مرج فرهنگى و اجتماعى قرار ندهند ..