و مشروعيت حكومت ائمه بدينسان تنها از ناحيه خداوند است و حتى وصيت امام هم منشأ مشروعيت امام بعدى نيست. البته در اين ديدگاه ميان مشروعيت و مقبوليت تمايز وجود دارد و همين حكومت ائمه كه مشروعيت الهى دارد هيچ‌گاه به زور بر مردم حكومت نخواهد كرد و به عبارت ديگر با پذيرش مردم قدرت و توان اعمال مى‌يابد، اما در عصر غيبت بحثهاى فراوانى پيرامون مشروعيت حكومت اين دوره صورت گرفته است و ماحصل آن مباحث، سه نظريه مختلف را نتيجه داده است كه ذكر مفصّل آنها از حوصله اين مقاله خارج است و فقط به طور فهرست‌وار به آنها اشاره مى‌شود:

١- نظريه ولايت نيابى:

شيعه (برخى از علماى شيعه و از جمله امام خمينى) با استناد به آيات و روايات، ولايت فقها را نيز در امتداد ولايت ائمه قرار مى‌دهند. به عبارت ديگر، آن را يك بحث كلامى مى‌دانند نه فقهى و وظايف و اختيارات آنان را به فقها نيز كماً و كيفاً تسّرى مى‌دهند. امام خمينى با تمسك به آيه‌اى كه مى‌فرمايد: «ان اللَّه يأمركم ان تؤدوا الامانات الى اهلها و اذا حكمتم بين الناس ان تحكموا بالعدل» (نساء، ٥٨) و روايتى كه در ذيل اين آيه آمده است كه مى‌گويد: «ان تؤدوا الامانات الى اهلها» مربوط به ائمه معصومين است و «اذا حكمتم بين الناس ان تحكموا بالعدل» مربوط به امراست و آيه بعد از آن كه به آيه اولى‌الامر (همان، آيه ٥٩) معروف است نظر به خود را اثبات مى‌كند. (ر. ك. به: امام خمينى، بى‌تا، ص ٩٦)

٢- نظريه توكيل:

برخى از علماى شيعه معتقدند در عصر غيبت، فقيه پس از انتخاب از سوى مردم به وكالت از آنان به اداره امور خواهد پرداخت. پس چنين وكالت سياسى مبناى مشروعيت حكومت فقيه در عصر غيبت است و حكومت نوعى قرارداد و معاهده بين مردم و فقيه منتخب تلقى مى‌شود و بيعت هم تماميت يافتن اين قرار داد است. (ر. ك. به: صالحى نجف‌آبادى، ١٣٦٣، ص ٥٠ و نيز منتظرى، بى‌تا، ج ٢، ص ٢٩٧)

٣- نظريه حكم شرعى:

بر اساس اين نظريه در عصر غيبت، فقيه به حكم شرع موظف به حكومت كردن و تشكيل حكومت است و مردم هم وظيفه متابعت دارند و نه نيابت در كار است و نه وكالت از سوى امام يا مردم و بدينسان حكومت و ولايت فقيه از احكام شرعى مستقل تلقى مى‌شود. (ر. ك. به: حسينى‌مراغى، عناوين)