نقش على (ع) در دوران خلافت عمر ملموس‌تر بود. عمر تصميم گرفت در جنگ با ايران در لشكر مسلمانان حضور يابد و ديگران عمر را به اين كار تشويق كردند، اما على (ع) مانع از اين تصميم شد و فرمود خليفه با لشكر حركت نكند؛ زيرا خليفه محور نظام است و ضربه به او، ضربه به نظام است. (همان، خطبه ١٤٦)

ولى در نبردى كه با ايرانيان صورت گرفت، وقتى خبر كشته شدن فرمانده سپاه اسلام و درخواست قواى كمكى آنان به عمر رسيد، وى با اصحاب خود به مشورت پرداخت كه آيا خود به كمك سپاه برود يا كسى را اعزام كند؟ على (ع) پيشنهاد كرد كه خود خليفه به محل پيكار برود، اما ديگران چون عباس و عثمان مخالف رفتن خليفه بودند (نقى‌پورفر، ١٣٧٦، ص ١٠٩). دليل اين پيشنهاد على (ع) بر خلاف ديگر نظراتى كه در خصوص عدم شركت خود خليفه در نبردها مى‌داد اين بود كه مسلمانان بر اثر از دست دادن فرمانده سپاه روحيه سپاه روحيه خود را باخته بودند و حضور شخص خليفه در جنگ سبب تقويت روحيه و انگيزه سپاهيان اسلام در نبرد مى‌شد. (سيره ادارى امام على (ع)، ص ١٥٣، به نقل از مروج‌الذهب، ج ١، صص ٩- ٣١٨.

برخورد امام با خلافت عثمان بسيار قابل توجه است. امام بيعت خود را با عثمان مشروط به حفظ رعايت مصالح جامعه كرد و حقوق جامعه را مقدم بر حقوق خود دانسته و فرمود: «سوگند به خدا خلافت را رها مى‌نمايم مادامى كه امور مسلمانان منظم باشد و ماداميكه در زمان خلافت بر ديگرى به جز من جور و ستمى وارد نشود». (نهج‌البلاغه، ص ٦٩، خطبه ٧٣)

با نگاهى به تاريخ به روشنى مشخص مى‌شود كه در زمان عثمان با افراد مخلص زيادى همچون ابوذر رفتارى ناعادلانه صورت گرفت و امام به صراحت علت تبعيد ابوذر به ربذه را ديندارى و صراحت لهجه ابوذر مى‌داند.

ابوذر با خواندن آيه «و كسانى كه طلا و نقره را گنجينه و ذخيره مى‌كنند و در راه خدا انفاق نمى‌كنند از حب دنيا آنان را به عذاب دردناك بشارت ده» (توبه، ٣٤)، به انتقاد از عثمان مى‌پرداخت و عثمان او را از خود دور كرده، او را به شام فرستاد و در آنجا هم ابوذر از سياستهاى غلط اقتصادى معاويه شروع به انتقاد كرد تا اينكه معاويه به عثمان نامه نوشت كه اگر به مردم شام نياز دارى، ابوذر را از اينجا ببر كه ابوذر