كان السيّد شرف الدين يرى حال المتخرّجين من المدارس العصريّة آنذاك ، وكان يأسف على افتقاد المؤمنين لهذه الصروح التربويّة ، فصمّم بعزم على إيجاد البديل الذي يحقّق هدفين في آن ، أوّلهما : تربية الناشئة على العلوم العصريّة وعدم حرمانهم منها ، والثاني : الحفاظ على دينهم بل وتنمية الحسّ الديني لديهم من خلال مؤسّسات تواكب نموّهم بشكل مدروس .

ومن هنا انقدحت في ذهن السيّد شرف الدين فكرة تأسيس المدرسة الجعفريّة ، وكان ذلك سنة ( ١٣٥٧هـ ) ( = ١٩٣٨م ) ، ولكنّ الميزانيّة الماليّة كانت ضعيفة ، فبدأ المشروع في غرفتين في منزل السيّد شرف الدين نفسه ، ثمّ اُلحقت بهما ثالثة ، إلى أن انتقلت قبيل الحرب العالميّة الثانية إلى بناءٍ كان قد شيّده خصّيصاً لذلك على بوّابة صور مكان التلال الرمليّة الكثيفة ، وكم شوهد السيّد شرف الدين يحمل الرمال بنفسه على منكبيه ليثير حميّة الناس ، إلى أن ولدت الجعفريّة لبنةً لبنة ، وغرفةً غرفة ، وقد رعى اُمورها السيّد جعفر نجل السيّد شرف الدين بتكليفٍ من والده .

ثمّ حلّت الحرب العالميّة الثانية التي صرفت الناس كلاًّ إلى همومه عن هموم إخوانه ، الأمر الذي انعكس سلباً على بناء الجعفريّة .

وما إن وضعت الحرب أوزارها حتّى تجدّد العمل على تطوير الجعفريّة ، وقد تزامن ذلك مع العمل على بناء نادي الإمام الصادق (عليه ‌السلام) الذي خصّص لإقامة الشعائر الدينيّة والاجتماعيّة المختلفة ، وقد قامت فوقه صفوف اُلحقت بالجعفريّة حتّى بلغت الشهادة المتوسّطة « البريفيه » .

وإلى جانب الجعفريّة ، أسّس السيّد شرف الدين مدرسة الزهراء عليهاالسلام لتربية الناشئة من الفتيات ، وقد أقام المدرسة في بيته ، ولكنّ المشروع لم يستمرّ طويلاً حيث تمّ إقفالها في ( ١٢/١٠/١٩٤٢م ) بأمرٍ من رئيس الوزراء اللبنانيّ