تا اينكه رخت سفر بر بسته و به سوى «مشهد امام كاظم ٧» و شهر «بغداد» هجرت نموده، و طىّ اقامت در آنجا پس از استخاره و مشورت با حضرت حقّ سبحانه با «زهرا خاتون» دختر «ناصر بن مهدى وزير» پيوند ازدواج برقرار مى‌كرده، و حدود پانزده سال در زمان حكومت عبّاسيان در بغداد اقامت مى‌گزيند.

وى در طول اين مدّت مورد احترام و تعظيم رجال حكومتى آن دوران بوده، و عهده‌دار شدن مناصب سياسى از نقابت طالبين و سفارت در نزد حاكم مغول گرفته تا حتّى سپردن وزارت به وى پيشنهاد شد، ولى به ثمر ننشست.

مؤلف در اواخر عهد حكومت «مستنصر»- متوفّى به سال ٦٤٠ ه ق- و يا اندكى بعد از وفات وى در سال ٦٤١ ه ق به حلّه بازگشت و مدّت زمانى در آنجا اقامت نمود، ولى دل بى‌قرار او آرام نگرفت، و دوباره در سال ٦٤٥ به نجف اشرف رهسپار گرديد، و به صورت متناوب سه سال در آنجا، و سه سال ديگر در «كربلاى معلّى»، و سه سال ديگر در «كاظمين» اقامت نمود، و سرانجام در سال ٦٥٢ عزم سفر به سوى «سامرّاء» و اقامت سه ساله در آنجا را داشت، ليكن هنگام عبور از بغداد، باز به مصلحت وقت كه مقارن با حمله مغول بود، در دار الخلافة بغداد اقامت گزيد، و هنگام سقوط بغداد به دست مغولان، يعنى ١٨ محرّم الحرام سال ٦٥٦ ه ق- در بغداد بوده است.

جريان فتواى او به عنوان يك مسأله جالب تاريخى- سياسى معروف است، زيرا هنگامى كه هولاگو بغداد را فتح كرد، دانشمندان را در مستنصريّه گرد آورد، و از آنان در باره اين مسأله كه: «سلطان كافر عادل افضل است، يا سلطان مسلمان ستمگر؟» استفتا نمود، پس از سكوت همه، سيّد قدس سرّه مبادرت به پاسخ نمود و از روى تقيّه و حفظ جان مسلمين نگاشت: «كافر عادل از مسلمان جائر افضل است» و ديگران نيز به پيروى از وى فتواى او را تأييد كردند.

تاريخ زندگى وى گوياى آن است كه در دهم صفر الخير سال ٦٥٦، هلاگو وى را به حضور مى‌طلبد و به او امان مى‌دهد و سيّد قدس سرّه دوباره به حلّه مراجعت مى‌نمايد، و سرانجام قلم قضاى الهى چنين رقم مى‌زند كه آن بزرگوار در نهم محرّم الحرام سال‌