امام خمينى مشروعيت نظام سياسى را در حاكميت قانون الهى توصيف كرد و آن را در وجود ولى فقيه قابل جمع دانست و لذا مى‌نويسد: «حاكم و فقيه اولًا بايد احكام اسلام را بداند و ثانياً عدالت داشته باشد. از كمال اعتقادى و اخلاقى برخوردار باشد عقل همين را اقتضا دارد زير حكومت اسلامى حكومت قانون است نه خودسرى و نه حكومت اشخاص بر مردم. اگر زمامدار مطلب قانونى را نداند لايق حكومت نيست. چون اگر تقليد كند قدرت حكومت شكسته مى‌شود و اگر نكند نمى‌تواند حاكم و مجرى قانون اسلام باشد. و اين مسلم است كه «الفقهاء حكام على السلاطين» سلاطين اگر تابع اسلام باشند بايد به تابعيت فقها درآيند و احكام را از فقها بپرسند. در اين صورت حكام حقيقى همان فقها هستند. پس بايستى حاكميت رسماً به فقها تعلق بگيرد نه به كسانى كه به علت جهل به قانون مجبورند از فقها تبعيت كنند. (امام خمينى، ١٣٦٠، ص ٦٠ و نامدار، همان، ص ٢١٧)

از ديدگاه امام خمينى مقبوليت نظام اسلامى نيز از طريق مشاركت مستقيم و غير مستقيم مردم به وسيله اعمال اكثريت آراى مردم براى انتخاب نمايندگان خود جهت حضور در مجلس كه ازديدگاه امام به آن مجلس برنامه‌ريزى اطلاق مى‌شود، نه مقننه، حاصل مى‌شود. براى همين است كه امام خمينى مجلس را قوه مقننه نمى‌نامد:

زيرا دو قدرتِ مقننه و اختيار تشريع در اسلام به خداوند متعال اختصاص يافته است.

شارع مقدس اسلام يگانه قدرت مقننه است كه هيچ كس حق قانونگذارى ندارد جز حكم شرع را نمى‌توان به مورد اجراء گذاشت. و به همين سبب در حكومت اسلامى به جاى قانونگذارى كه يكى از سه دسته حكومت كنندگان را تشكيل مى‌دهد، در مجلس برنامه‌ريزى وجود دارد كه براى وزارتخانه‌هاى مختلف در پرتو احكام اسلام برنامه‌ريزى مى‌كند و اين برنامه‌ها كيفيت انجام خدمات عمومى را در سرتاسر كشور تعيين مى‌كند. (نامدار، پيشين، ص ٢١٨، به نقل از امام خمينى، ١٣٦٠، ص ٥٣)

البته اين امر تنها اختصاص به امام خمينى ندارد بلكه قبلًا شيخ فضل‌اللَّه‌