فُتحت نيسابور في خلافة عثمان صلحاً بدون قتال ، على يد القائد الأحنف بن قيس رئيس بني تميم ، وعبد الله بن عامر بن كريز الأموي ، وسرعان ما فاقت مدينة طوس وأصفهان وصارت عاصمة خراسان : قال السمعاني في الأنساب ( ٥ / ٥٥٠ ) : ( النيسابوري . . هذه النسبة إلى نيسابور وهي أحسن مدينة وأجمعها للخيرات بخراسان ، والمنتسب إليها جماعة لا يحصون . وقد جمع الحاكم أبو عبد الله محمد بن عبد الله الحافظ البيِّع تاريخ علمائها في ثمان مجلدات ضخمة . ذكر أبو علي الغساني الحافظ في كتاب تقييد المهمل قال : قال محمد بن عبد السلام : أخبرنا أبو حاتم سهل بن محمد قال : إنما قيل لها نيسابور لأن سابور مر بها فلما نظر إليها قال : هذه تصلح أن تكون مدينة ، فأمر بها ، فقُطع قصبها ثم كُبس ثم بُنيت ، فقيل لها : نيسابور ، والنِّيْ : القصب ) .

وقد اتخذها بنو طاهر عاصمة خراسان بدل طوس ، فكانت مقرهم وكانوا حكام خراسان والمشرق عامة .

قال اليعقوبي في تاريخه ( ٢ / ٤٩٤ ) : ( توفي طاهر بن عبد الله بن طاهر في رجب سنة ٢٤٨ ، وهو ابن أربع وأربعين سنة . . فكتب المستعين إلى محمد