قرن پنجم و ششم، دوره قدرت اسماعيليه است كه با ساير فرق اسلامى در مبارزه و مجادله بودند و عده‌اى از دانشمندان بدين مذهب گرويدند و بناى جدال را با دانشمندان ديگر در مورد جانشينى حضرت صادق (ع) گذاردند و مسائل مختلف مذهبى را مورد نقد و بحث قرار دادند و چون در تفسير و تأويل آيات متوسل بباطن ميشدند، بنائى ديگر جهت تفسير آيات و تأويل اخبار اسلامى مى‌گذاردند و منطق و كلام جديدى بوجود آوردند، از جمله دعات اسماعيليه «ناصر خسرو قباديان» معروف به «حجت خراسان» و حكيم و متكلم است. ديگر «احمد بن عبد الملك عطاش و پسر ويست كه به نشر عقايد اسماعيليه پرداخته‌اند.

ديگر «حسن صباح» است كه خود يكى از دانشمندان بزرگ و داعى الدعات اين فرقه و مؤسس فرقه صباحيه است. ديگر «مسعود زورآبادى» از فحول علماى خراسان است.

در اين دوره‌ها يعنى قرن پنجم تا هفتم در اثر قدرت يافتن علماء دين وضع علوم عقلى و منطقى درهم شد و عده‌اى علم مخالفت با اين گونه مباحث بر افراشتند و اين امر شايد نتيجه همان زياد روى فرقه اسماعيليه و ملاحده ديگر در مورد توجه به باطن و كلام و فلسفه بوده است، بدين معنى كه در مقابل فرقه اسماعيليه كه اهل باطن بودند و متوسل بتأويل و تفسير ميشدند، علماء و فقهاء ديگر بظواهر آيات و اخبار توسل جسته و مردم را از تأويل و تفسير منع ميكردند و اين راهى بود كاملا مخالف با راه علوم عقلى و منطقى و بدين جهت گمان ميكردند كه هر كس به علوم عقلى و فلسفى آشنائى داشته باشد، مسائل دينى را از راه ظاهر منحرف كرده و متوسل به باطن ميشود و يا علت و فلسفه وجودى احكام عبادى و تجارى را جويا ميشود در هر حال اين دوران دوران انحطاط علوم عقلى و منطقى است.

مدارسى مانند مدرسه «سيد تاج الدين» در شهر رى، مدرسه «شمس الاسلام» و مدرسه «اثير الملك» و «سيد عز الدين مرتضى» در قم و نظاميه بغداد و نيشابور نظاميه بصره، نظاميه اصفهان و نظاميه مرو و مدارس ديگرى در شهر نيشابور و گرگان و اصفهان و همدان و خراسان و غيره تنها بعلوم عقلى و احاديث توجه ميشد و كسانى كه بدنبال علوم عقلى ميرفتند متهم بكفر و زندقه ميشدند چنانكه «شيخ الرئيس ابو على سينا» و شاگردانش را نيز بالحاد متهم كردند و حتى متكلمان را هم بكفر و الحاد نسبت ميدادند.

در هر حال از حكماء اين عصر بايد نام چند تن را ذكر كرد كه در علوم منطقى نيز تحقيقات و شروح و حواشى دارند از جمله:

١- سهروردى: شيخ شهاب الدين عمر سهروردى (٦٣٢ م) كتابهائى تأليف كرده است از جمله رشف النصائح الايمانيه و كشف الفضائح الايوانيه و اين غير از شهاب الدين معروف است. وى چنانكه از عنوان كتابش معلوم است با آنكه خود