و از همان ابتداء كسانى را مانند «على بن عبيدة الريحانى» و «ابو زيد بلخى» را به الحاد و زندقه نسبت دادند. و بطور قطع مستقيم يا غير مستقيم اين وضع را اهل سنت و حديث بوجود آوردند. آنان صريحا طلاب علوم را از اشتغال بفلسفه منع مى‌كردند.

در عصر عباسى بسيارى از فلاسفه را زنديق شمردند (اين امر از آثار وجودى اشعريان بود). اولين امرى كه مورد بغض و سخط اهل حديث و سنت واقع ميشود الهيات و منطق ارسطو است و سپس ساير شعب علوم از رياضى و طبيعى و غيره، و كسانى كه به اين علوم اشتغال داشتند گاهى مورد لطف خلفاء و امراء و گاهى مورد غضب و سخط آنان واقع ميشدند.

يكى از قربانيان راه علم و فلسفه در جهان اسلام «ابن رشد» است كه محاكمه و نفى بلد گرديد و بدنبال آن بموجب منشورى كه از طرف خلافت مغرب صادر شد تعليم فلسفه تحريم گرديد.

ديگر از قربانيان راه علم، كمال الدين يونس موصلى است كه معاصر ابن خلكان است و به علوم فلسفى، رياضى و ساير شعب علوم وارد بود.

از جمله كسانى كه شديدا با فلسفه دشمنى ورزيد «ابو حامد غزالى» است كه كتاب «تهافت الفلاسفه» را نوشت و ديگر «ابن تيميه بزرگ» (٧٢٩ ه) است.

و شايد از اين جهت باشد كه فلاسفه ناچار شدند به آيات قرآنى در كتب و رسائل خود استشهاد كنند.

بارى همان طور كه اشاره شد با- وجوديكه علماء مذهب، نظر خوشى به استدلالات فلسفى نداشتند، جمعى پيدا شدند كه بناى كار خود را بر اصالت عقل گذاردند و منطق ارسطوئى را در مسائل اعتقادى بكار بردند، اين دسته معتزله بودند كه بعدها به تدوين كتب و رسائل كلامى پرداختند، از جمله:

الرد على القدريه، تأليف عمرو بن عبيدة شيخ معتزله (٨٠- ١٤٤ ه).

أصناف المرجئة، تأليف و اصل بن عطاء.

و بدين ترتيب معتزله خود را وارد در معركه علوم عقلى كردند و در اصناف علوم يونانى و اسكندرانى متجر شدند تا آنكه فرقه اشعرى بوسيله ابو الحسن اشعرى بوجود آمد و عقايد معتزله را يكسره باطل دانستند و بناى ضديت را با فلسفه و علوم عقلى گذاردند، و نظر خلفا و امراء وقت را به خود جلب و همراه كردند و همچنانكه اشارت رفت القادر بالله (٤٠٨ ه) منشورى مبنى بر تحريم فلسفه و عليه مذهب اعتزال صادر كرد و كتبى بر رد فلاسفه و معتزله منتشر شد، مانند: