چنانكه پيشتر اشاره شد، غالب فقها با قطع اعضاى رييسه فرد دچار مرگ مغزى مخالفند، علاوه بر آن شوراى نگهبان كه حافظ دين و شريعت در قوانين جمهورى اسلامى ايران است نيز، از ابتدا با مصوبه مجلس در اين مورد مخالف بوده است و نامه نگارى‌هاى متعددى راجع به اين موضوع بين اين شورا و مجلس شوراى اسلامى صورت گرفته است كه براى روشن شدن چگونگى قطعى شدن اين مصوبه و ابهامات آن به صورت خلاصه به آنها اشاره مى‌كنيم:

نامه مجلس در تاريخ ٢٠/١/١٣٧٩، به شوراى نگهبان رسيده است و طبق اصل ٩٤ قانون اساسى، شوراى نگهبان موظف است آن را حداكثر ظرف مدت ده روز از تاريخ وصول مورد بررسى قرار دهد و چنانچه آن را مغاير با شرع يا قانون اساسى تشخيص داد، براى تجديد نظر به مجلس بازگرداند، در غير اين صورت اين مصوبه قابل اجرا خواهد بود؛ يعنى شوراى نگهبان تا تاريخ ٣٠/١/١٣٧٩، فرصت داشته است كه نظر خود را اعلام كند و يا طبق اصل ٩٥ قانون اساسى درخواست تمديد مهلت تا ده روز ديگر كند، ولى در تاريخ ٨/٢/١٣٧٩ (با حدود يك هفته تأخير)، به داشتن اشكالات شرعى اين لايحه اشاره مى‌كند و مى‌نويسد كه نظر نهايى‌خود را متعاقباً اعلام خواهد كرد.

على‌رغم اين مخالفت اجمالى شوراى نگهبان، رييس مجلس وقت در تاريخ ٢٤/٣/١٣٧٩، نامه‌اى به رييس جمهور وقت مى‌نويسد و اين مصوبه را به ايشان ابلاغ مى‌كند. پس از آن شوراى نگهبان در نامه‌اى به رييس مجلس وقت نسبت به اين ابلاغيه اعتراض كرده و آن را اشتباه رييس مجلس مى‌خواند و مجدداً مخالفت اين مصوبه را با شرع ، مورد تأكيد قرار مى‌دهد. متن اين نامه بدين شرح است:

«رييس محترم مجلس شوراى اسلامى

پيرو نامه شماره ٢٩٢ /٢١/٧٩ مورخ ٨/٢/١٣٧٩ شوراى نگهبان اشعار مى‌دارد: