مرحوم آقا سيد احمد جامع معقول و منقول بود نه تنها در فقه و اصول و رجال و درايه كه در فلسفه و كلام نيز كار كرده بود و به مبانى عقلى احاطه داشت. برخى از بزرگان، شوارق را نزد ايشان خوانده اند و كتاب عقايد الحقه كه يك دوره ا صول دين استدلالى است ميزان احاطه ايشان به فلسفه و كلام را نشان مى‌دهد. ملاحظه كنيد امام خمينى(ره) به آسانى از كسى تعريف نمى‌كند و اهل مبالغه هم نيست. ايشان در موضوع شطرنج كه مطرح كرده بودند به مقام علمى و تقوايى مرحوم آقا سيد احمد خوانسارى اشاره مى‌كند و مى‌فرمايد:

شما مراجعه كنيد به كتاب جامع‌المدارك مرحوم آيت الله حاج سيد احمد خوانسارى ... در تمام ادله خدشه مى‌كند. درصورتى كه مقام احتياط و تقواى ايشان و نيز مقام علميت و دقت نظر ايشان معلوم است.

همان طور كه حضرت امام اشاره فرمودند كتاب جامع المدارك كه شرحى بر مختصر النافع علامه حلى است يك دوره فقه استدلالى است و بيانگر احاطه علمى ايشان به فقه و مبانى است. مرحوم خوانسارى در تحليل مطالب گذشتگان بسيار متبحر و قوى است ولى در مباحث فنى به جمع بندى نهايى و ارائه نظر نمى‌رسيد.

ايشان از اين جهت نظير آيت الله رفيعى قزوينى است. من استادى درخوش بيانى ورفع زوايد، همانند مرحوم قزوينى نديدم؛ ليكن اهل نظر نبود و به جمع بندى نهايى نمى‌رسيد. برخلاف علامه طباطبايى كه اهل نظر بود؛ پس از تحليل دقيق و عميق مطالب ديگران، نظريه اى را هم برمى‌گزيد؛ ولى مرحوم خوانسارى ـ آن مقدارى كه من درمحضر ايشان بوده ام و آن مقدار كه درجامع المدارك ديده ام ـ مطالب گذشتگان را خوب تحليل مى‌كند؛ نقد مى‌كند؛ شبهات را مطرح مى‌سازد ولى در نهايت نظريه اى را