١١. اللمعات المشرقيّة فى المباحث المنطقيّة، اين كتاب در منطق بوده و با عنوانهاى «لمعه» و به روش متأخران نوشته شده و رساله خوبى است. آغاز: «الحمد للّه الّذي رفع سماء العقل الهادى الى اصول الرأى و فروع النقل و بعد فانّى مهد و هاد، اياك من المنطق الى اصول منقّحا فصولها عن فضول.»

انجام: «و من لم يجعل اللّه له نورا فما له من نور- قد تمّ الكتاب المستطاب الشريف الموسوم بالتنقية لصدر الأفاضل». كاتب عامى اين كتاب به اعتبار ذكر لفظ «تنقيح» آن‌هم با اشتقاق «منقّحا» تنقيه نام نهاده است و برخى هم به همين اسم كتاب را معرفى نموده‌اند. در اين كه اين اثر از ملا صدرا است شكى وجود ندارد، زيرا به سليقه و سبك و روش آخوند تحرير شده است.

١٢. تعليقات بر شرح حكمة الإشراق، در اين كتاب صدر المتألّهين بين اتباع مشّاء و اشراق حكومت كرده است و در جميع موارد مبانى خود را ذكر كرده است و در ضمن مشكلات حكمة الإشراق را حل نموده است. اين تعليقات را آخوند با كمال تحقيق و تدقيق و حفظ جهات علمى تصنيف نموده و بهترين كتابى است كه در حكومت بين حكماى مشّاء و اشراق تأليف شده و حاكى از آن است كه مؤلف در حكمت بحثى و فلسفه ذوقى و در تصوف و عرفان، صاحب سعه باع است و در جميع اين طرق از متخصص و متمحّض در هريك از آن فنون مسلّطتر است.

١٣. تعليقات بر إلهيّات شفاى ابن سينا، اين تعليقه ناتمام است و تا مقاله سادسه بيشتر نوشته نشده است؛ صدر المتألّهين در اين كتاب بيشتر به توضيح و تبيين كلمات شيخ الرئيس پرداخته و در تحقيق و توضيح مبانى شيخ، داد سخن داده است و گاهى به مبانى خود اشاره نموده و تفصيل را به كتب خود حواله داده است، مگر در باب وجود ذهنى كه مفصّل در اين تعليقات در آن بحث نموده است. اين كتاب بهترين حواشى بر شفا است كه صد افسوس ناتمام مانده است.

آخوند مبانى شيخ را طورى تحقيق كرده و توضيح داده است كه شخص وارد بعد از مراجعه به تعليقات آخوند، اشكالات متأخّران را به شيخ وارد نمى‌بيند. اين تعليقات از شفا به مراتب متقن‌تر و تحقيقى‌تر است و از حيث اسلوب تحرير و روانى و جذابى عبارات و عدم تكرار