خواجه در استقامت فكر و اعتدال نظر از نوادر دوران است و حق آن است كه او را در صف اوّل حكماى اسلام قرار دهيم كه در احياى فلسفه و تحرير قواعد و اصول رياضى، خدمات بى‌سابقه‌اى انجام داده‌اند.

يكى از منابع اساسى كارهاى فلسفى ملا صدرا كتب شيخ الرئيس، شيخ فلاسفه اسلامى و استاد بزرگ طب و ساير شعب علمى حكمى است؛ چه آنكه شفاى شيخ، كتاب مسلّم درسى در عهد طلبگى ملا صدرا بود و ميرداماد استاد او نيز، استاد مسلم در فلسفه مشايى مى‌باشد؛ حواشى آخوند حاكى از كثرت مراجعه او به كتاب شفاست، آثار فلسفى ابو نصر فارابى و ديگر آثار شيخ در حكمت مشايى از كتابهايى است كه اساس كار هر فيلسوف محقق را تشكيل مى‌دهد.

آثار شيخ سعيد شهيد، مؤسس حكمت اشراق و شروحى كه بر آثار شيخ نوشته شده است، پايه و اساس بلكه حجر اصلى كارهاى علمى ملا صدراست، كما اين كه شروح و تعليقاتى كه به افكار شيخ رئيس نوشته شده، مورد مراجعه دقيق ملا صدرا بوده است.

تحصيل بهمنيار و بيان الحق ابو العباس لوكرى [١]، شرح خواجه بر اشارات شيخ رئيس،

[١]بر نگارنده مسلم است كه «بيان الحق فى ضمان الصدق» لوكرى كه فقط يك نسخه از آن در دست است، مورد مطالعه ملا صدرا بوده است و از اين كتاب چند نسخه در آن عصر در اصفهان وجود داشته است. سيد احمد محشى شفا در چند مورد از حواشى خود بر قبسات و شفا، از متن اين كتاب عبارت آورده است.

بيان الحق تأليف ابو العباس لوكرى است كه يكى از بنيان‌گذاران فلسفه مشّايى در خراسان مى‌باشد. اين كتاب عالى‌ترين اثر در فلسفه به سبك طرفداران شيخ رئيس است و اين كه اثر به اين مهمى به صورت كتب خطى دور از استفاده است، نشان بى‌اعتنايى دستگاههاى فرهنگى ماست كه به عمد يا سهو، ناظر خاموش شدن چراغ پرفروغ حكمت و علم إلهى در اين سامان است. آنچه باعث اعتبار ملت ماست، همين علوم انسانى است كه درست از ابتداى تشكيل دانشگاه رو به زوال است و ما از اهميت موضوع، خود را بى‌اطلاع نشان مى‌دهيم.

همين مختصر توجه را نيز بايد معلول توجه شايان و روز افزون جامعه علمى و متمدن غرب نسبت به حكمت و عرفان اسلامى دانست. پنجاه سال قبل در مملكت ما پررونق‌ترين حوزه‌هاى فلسفى تشكيل مى‌شد و دو سه نفر از تلاميذ قدما وجود دارند كه با زوال آنها خواهى نخواهى اساتيد بزرگ اين رشته را از دست مى‌دهيم.