خلاصه كلام آنكه كتب مورد مراجعه و استفاده و منابع كارهاى علمى ملا صدرا، همان كتب و رسائل و شروح و تعليقات و تأليفاتى است كه در دسترس همه دانشمندان و محققان عصر او بوده است، از قبيل شرح‌ها و تعليقات و حواشى بر تجريد علامه محقق نصير الدين طوسى و كتب حكماى مشّايى، آثار فارابى، معلم ثانى و شيخ رئيس و شارحان و ناقلان كلمات و افكار شيخ مثل بهمنيار و لوكرى و كتب و رسائلى كه به عنوان رد بر فلسفه و حكمت نوشته شده است، مانند آثار غزالى و فخر رازى و امثال آنها.

تهافت الفلاسفة غزالى و كتب فخر رازى و شهرستانى و ديگر آثارى كه مؤلفان آنها از اين افكار پيروى نموده‌اند، به دقت مورد بررسى آخوند ملا صدرا قرار گرفته است.

كتب محققان از متكلمان كه در بسيارى از مقاصد و مواقف به سبك فلاسفه بحث نموده‌اند و اصولا طرز تفكر فلسفى داشته‌اند، مانند شرح مقاصد و شرح مواقف مورد عنايت فكرى آخوند مى‌باشند و نيز در مسائل اعتقادى به اين قبيل كتب مراجعه نموده است و همچنين كتبى كه در مقام انتصار از افكار فلسفى و آثارى كه به عنوان ردّ مناقشات مخالفان حكمت و فلسفه نوشته شده است، مانند آثار ابن رشد، حكيم ابو الوليد اندلسى و برخى از آثار خواجه، از آثارى به شمار مى‌روند كه ملا صدرا به آنها اهميت داده است.

و نيز اشكالاتى كه عرفا در خلال تحقيقات خود به افكار فلسفى نموده‌اند، مورد توجه آخوند بوده و در مطاوى برخى از تحقيقات او، اين معنا ظاهر و لايح مى‌شود.

كتب اتباع اشراق به خصوص كتب شيخ اشراق و كليه آثار او از عربى و فارسى از آثارى به شمار مى‌روند كه ملا صدرا با كمال دقت و علاقه اين آثار را با شرح‌ها و تعليقاتى كه بر آن نوشته‌اند، نظير شرح علامه شيرازى و شروح شهرزورى بر آثار شيخ سعيد شهيد و شرح ابن كمونه و غير اينها از منابع كارهاى علمى آخوند به شمار مى‌روند؛ تعليقات او بر حكمت اشراق حاكى از اين معناست و بهترين اثرى است كه در حكومت بين افكار اشراق و مشاء نوشته شده است و حكايت از روح معتدل علمى اين فيلسوف كبير مى‌نمايد و خود به هيچ طريقه‌اى نگرويده و حكمت متعاليه او طريقه خاصى است كه بر جميع طرق فلسفى ترجيح دارد