چون بدنش قوّت یافت و محکم شد و سلامتی خود را باز یافت، خدا کرمی را فرستاد که ریشۀ درخت کدو را بخورد و آن درخت خشک شد. خشک شدن آن درخت برای یونس علیه السلام ، بسیار سخت و رنج‌آور بود و او را محزون نمود.

خداوند به او وحی کرد: چرا محزون هستی؟

او عرض کرد: این درخت برای من سایه تشکیل می‌داد، کرمی را بر آن مسلّط کردی، ریشه‌اش را خورد و خشک گردید.

خداوند فرمود: تو از خشک شدن یک درختی که، نه آن را کاشتی و نه به آن آب دادی غمگین شدی، ولی از نزول عذاب بر صد هزار نفر یا بیشتر محزون نشدی، اکنون بدان که اهل نینوا ایمان آورده‌اند و راه تقوی پیش گرفتند و عذاب از آنها رفع گردید، به سوی آنها برو.

یونس علیه السلام متوّجه خطای خود شد و عرض کرد:

«یا رَبِّ عَفْوَکَ عَفْوَکَ».

سپس به سوی نینوا حرکت کرد، وقتی به نزدیک نینوا رسید، خجالت کشید که وارد شهر شود، چوپانی را دید نزد او رفت و به او فرمود: برو نزد مردم نینوا و به آنها خبر بده که یونس علیه السلام به سوی شما می‌آید.