گرچه در باب تاريخ فلسفه اسلامى كمتر كتاب و تأليف دقيقى به چشم مى‌خورد و تحقيق در اين موضوع بسيار ضرورت دارد، اما استاد آشتيانى بيشترين همت خود را متوجه مشكل‌ترين و تاريك‌ترين دوران فلسفه، يعنى قرن هشتم تا دهم و پس از ملا صدرا تا عصر حاضر معطوف كرده است.

در اين اينجا نام بعضى از مهم‌ترين كتاب‌هاى استاد آشتيانى را ذكر مى‌كنيم:

١. شرح حال و آراى فلسفى ملا صدرا؛

٢. شرح مقدمه قيصرى؛

٣. شرح زاد المسافر ملا صدرا؛

٤. هستى از نظر فلسفه و عرفان؛

٥. نقدى بر تهافت الفلاسفه غزالى؛

٦. تصحيح و تحقيق اصول المعارف فيض كاشانى؛

٧. تصحيح و تحقيق تفسير فاتحة الكتاب؛

٨. تصحيح و تحقيق و مقدمه بر تمهيد القواعد؛

٩. تصحيح و تحقيق رساله مشاعر ملا صدرا با شرح ملا محمد لاهيجى؛

١٠. تصحيح و تحقيق رسائل فلسفى (متشابهات القرآن، المسائل القدسيّة، أجوبة المسائل)؛

١١. تصحيح و تحقيق شرح فصوص الحكم جندى؛

١٢. تصحيح و تحقيق الشواهد الربوبية؛

١٣. تصحيح و تحقيق المبدأ و المعاد ملا صدرا؛

١٤. تصحيح و تحقيق مشارق الدرارى؛

١٥. تصحيح و تحقيق المظاهر الالهية به ضميمه دو رساله در تفسير سوره فاتحه؛

١٦. تصحيح و تحقيق مشرع الخصوص الى معانى النصوص؛

١٧. منتخباتى از آثار حكماى إلهى ايران (٤ مجلد) [١].

[١]برخى ديگر از آثار استاد كه فعلا در مجموعه كارى اين مركز نيست عبارتند از:

تصحيح و تحقيق اثولوجيا با تعليقات قاضى سعيد قمى؛ تصحيح و تحقيق أصل الأصول ملا نعيما؛ تصحيح و