درمورد نوآورى، بايد گفت كه هيچ يك از تأليفات و مباحث شهيد از عنصر نوآورى خالى نيست. به ويژه مباحث فقهى و اصولى.وى ترتيب مباحث اين دو علم را بازنگرى و بازسازى كرد و روش‌هاى جديدى در علم اصول تقديم حوزه علميه كرد؛ چنان كه بعضى از آنها را در كتاب معالم الاصول ـ كه مقدّمه علمى و بسيار جالب در مورد تاريخ علم اصول، پيدايش و تكامل آن است ـ بيان كرد.

در خصوص ترتيب ابواب علم اصول بايد گفت كه ايشان با هدف قادر ساختن طلاب، جهت فراگيرى خوب و مرحله‌اى اين ماده درسى، اصلاحات فراوانى انجام داد. فراگيرى علم اصول بدين شكل كه شهيد ارائه داده، ثمراتش در درس خارج ظاهر مى‌شود.

نمونه‌هاى بسيارى وجود دارد كه شهيد به علم اصول اضافه كرده است. بحث‌هاى تفصيلى او در فقه و اصول مشتمل بر اضافات و نو آورى‌هاى فراوانى است؛ از جمله سخنان تازه او در بحث تعادل و تراجيح و افزودن فصل‌هايى به آن كه برخلاف روال معمول و متعارف اين بحث است. در مباحث فقهى نيز در كتاب الفتاوى الواضحه بحث زكات و خمس را از قسمت عبادات خارج كرد. خلاصه، در عرصه نوآورى ها، مكتب معارف اسلامى خصوصا در مباحثى مانند اقتصاد اسلامى و منطق استقرايى و تاريخ سياسى ائمه(ع) وامدار اين شخصيت نابغه است.

روش واقع گرايانه و نگرش مجموعه‌اى

اين ويژگى در مباحث تفسير موضوعى و نيز در مباحث اقتصادى او كاملا روشن است؛ موضوعات اقتصادى را به صورتى پيشرفته سامان آنها را تحت عناوين جديدى قرار داد،و حال آن كه معمولا اين مباحث در ضمن ابواب پراكنده فقهى ،مثل مالكيّت زمين، ربا، مزارعه و مضاربه طرح مى‌شد.

او اين روش را نه تنها در باب اقتصاد، بلكه مى‌خواست در تمام شاخه‌هاى معرفت