سرانجام در سال ١٣٠٠ق به ناگاه به عتبات عالیات هجرت نموده و پس از زیارت آستان مقدس حسینی علیه السلام در کربلا، به نجف اشرف رفته و به زیارت مرقد مطهر حضرت امیرالمؤمنین علی علیه السلام شتافت و در شب پنج شنبه ٨ صفر المظفّر ١٣٠١ق وفات یافته در بقعه جدّ مادری خود شیخ جعفر کاشف العظاء در نجف مدفون گردید.

حاج میرزا علی مستوفی انصاری (پدر حاج میرزا حسن خان جابری انصاری موّرخ و ادیب مشهور) جهت او مرثیه و مادّه تاریخ سروده و گوید:

سال تاریخش از انصاری جستم گفتا

«موطن شیخ نجف بود بانجام و ازل»

١٣٠١ق

صاحب عنوان به تقوا و عبادت و اخلاق حسنه و ملکات فاضله معروف بود. از آثار خیریه او بنای مسجد نو در بازار بزرگ اصفهان در سال ١٢٩٩ق است.

وی کتب و رسایل چندی تألیف نموده که از آن جمله است:

١. «رساله در استصحاب» ٢. «شرح هدایه المسترشدین» بحث حجیه الظن که در سال ١٢٨٣ق به ضمیمه کتاب «هدایه المسترشدین» به طبع رسیده است. [اخیراً با تصحیح محقق ارجمند آقای شیخ مهدی باقری به چاپ رسیده است. ]٣. «لبّ الاصول» ٤. «لُبّ الفقه» که جلد طهارت آن در کتابخانه آقا سیّد حسن صدر کاظمی موجود بوده است. [٥. «حاشیه» فتوائی بر «نخبه» حاج محمّد ابراهیم کلباسی در عبادات. ٦. تعلیقه فتوایی بر رساله صلاتیه پدرش شیخ محمّدتقی (مطبوع).[١]]

[١] تاریخ علمی و اجتماعی اصفهان، ج١، صص ٣٤٠-٣١٣؛ قبیله عالمان دین، صص ٦٢-٤٣؛ شرح هدایه المسترشدین، صص٤٢-١٥؛ رساله صلاتیه، صص ٥٣-٤٤؛ رجال اصفهان یا تذکره القبور، ص٧٤؛ دانشمندان و بزرگان اصفهان، ج١، صص ٣١٢ و ٣١٣؛ بیان المفاخر، ج١، صص ٢٧٢ و ٢٧٣؛ خاندان شیخ الاسلام اصفهان، ص١٦٥؛ المآثر و الآثار یا چهل سال تاریخ ایران، ج١، صص ١٩٢ و ١٩٣؛ اعیان الشیعه، ج٤٤، ص١٠٤؛ بغیه الطالب، ١٧٤؛ نقباء البشر، ج١، ص١٩٩؛ نجوم السماء (تکمله)، ج٢، ص٣؛ ریحانه الادب، ج٣، ص٤٠٤؛ فوائد الرضویه، ص٤١٠؛ هدیه الاحباب، ص٢٠٥؛ تاریخ اصفهان (جابری)، صص ٣١٣ و ٣١٤؛ مکارم الآثار، ج٣، ص١٠٠٧؛ احسن الودیعه، ج٢، ص١٦؛ تاریخ اصفهان و ری، ص٢٩٠؛ الذریعه، ج٢، ص٢٤، ج٢، صص ٢٨٢ و ٢٨٧؛ الاصفهان (رجال و مشاهیر)، صص ٦٦٧-٦٦٥؛ رجال اصفهان (دکتر کتابی)، ج١، صص ١٤٠-١٣٧؛ شرح حال عباس میرزا ملک آرا،صص ١١٤ و ١١٥.