خودخواه اصفهان نتواند به منویّات خود دست یابد. برخی از نویسندگان داخلی به پیروی از مستشرقین و نویسندگان خارجی او را به خاطر ثروت و اجرای حدود و دخالت در سیاست مورد سرزنش قرار داده و از او انتقاد کرده اند، امّا او از ثروت و نفوذ و قدرت خود برای ترویج دین و رفع ظلم و اعانت به مظلومان استفاده می کرد، نه برای هوا و هوس های شخصی.

این فقیه و مجتهد عالیقدر از اواخر سال ١٣٣٠ق به بیماری استسقاء مبتلا گردید و سرانجام پس از دو سال بیماری در عصر یکشنبه ١١ شعبان المعظم ١٣٣٢ق در منزل مسکونی خود در محلّه پشت مسجد شاه وفات یافته و در جوار امامزاده احمد اصفهان مدفون شد و بر سر مزار او بقعه ای بنا کردند و طی سالهای بعد تعدادی از بستگان و نوادگان او در آنجا مدفون شدند.

ملّا عبدالجواد خطیب، برای مادّه تاریخ وفات او ضمن مرثیه ای چنین سروده است:

شد سؤال از خطیب تاریخش

جا چو آن گنج در تراب گرفت

«یا» برای ندا برون شد و گفت

«ایها النّاس آفتاب گرفت»

١٣٤٢-١٠=١٣٣٢

او متجاوز از صد جلد کتاب تألیف نموده که از آن جمله است:

١. «جامع الأسرار» ٢. «عنایات الرضویّه» ٣. «دلائل الأحکام» ٤. اشارات ایمانیه ٥. ترجمه برخی از مجلدات بحار و کتب احادیث.

او اگر چه شاعر حرفه ای نبود اما گاهی اشعاری را می سرود.

این بیت از سروده های آقانجفی است:

طالب هستی جاوید، ز جان می گذرد

پس در افلاک چو عیسی ز جهان می گذرد[١]

[١] تاریخ علمی و اجتماعی اصفهان، ج١، صص ٥٠٩-٣٤٣؛ رجال اصفهان یا تذکره القبور، صص ١٧٥-١٧٣؛ دانشمندان و بزرگان اصفهان، ج١، صص ٥٦-٥٣؛ مزارات اصفهان، ص٥٥؛ رجال اصفهان (دکتر کتابی)، ج١، صص ١٧٩-١٧١؛ الاصفهان: رجال و مشاهیر، صص ٦٧٣-٦٦٧؛ تاریخ اصفهان (جابری)، صص ٣٢٣-٣١٩ و ٣٩٥؛ ریحانه الادب، ج١، ص ٥٧؛ مکارم الآثار، ج٥، ص١٦٦٢؛ مؤلفین کتب چاپی، ج٢، صص ١٩٨ و ٢٠٣؛ الذریعه: مجلدات مختلف؛ مقتبس الاثر، ج٢، ص٢٢٢؛ تکمله نجوم السماء، ج٢، ص٢٧٨؛ دائره المعارف فارسی مصاحب، ج١، ص١٨٢؛ شمس التواریخ، صص ٩٧ و ٩٨؛ نقباء البشر، ج١، صص ٢٤٧ و ٢٤٨؛ شرح حال رجال ایران، ج٣، صص ٣٢٦ و ٣٢٧؛ الاعلام، ج٦، ص٦٣؛ فوائد الرضویّه، ص٤٣٨؛ علمای معاصر، صص ١٧٥ و ١٧٦؛ فرهنگ معین، ج٦، ص٢١٠٩؛ المآثر و الآثار یا چهل سال تاریخ ایران، ج١، ص٢١٨؛ حکم نافذ آقانجفی؛ در حریم وصال.