او در سال ١٣١٠ق تصمیم به زیارت مرقد حضرت امام حسین علیه السلام در کربلا گرفت و برای صله ارحام و وداع با بستگان به اصفهان آمد ولی در اصفهان بیمار شده و پس از دو سال در ذی القعده ١٣١٢ق وفات یافته و در جنوب تکیه مادر شاهزاده در سردابی که حاج شیخ محمّدباقر نجفی قبری جهت خود در آن تدارک دیده بود، مدفون گردید.

او در علم و فضل و زهد و تقوا از نوادر دوران بوده و مجلس درس او محل اجتماع فضلاء و دانشمندان بود. دو فرزند دانشمند ایشان شیخ احمد مجتهد بیدآبادی، شیخ محمّدعلی شاه آبادی و همچنین سیّد هدایت اللَّه چهارسوقی و سیّد حسن فانی یزدی از شاگردان برجسته او به شمار می روند.

وی را تألیفات چندی است که از آن جمله است:

١. «بحرالبکاء فی مصائب المعصومین النُّجَباء» به فارسی در چهار مجلد [جلد اول: شامل سی مجلس در تفسیر سوره فاتحه الکتاب. جلد دوم: در تفسیر سوره یوسف. جلد سوم: در تفسیر سوره واقعه. جلد چهارم: در احوال حضرت فاطمه زهرا(سلام اللَّه علیها) موسوم به «بحرالبکاء الفاطمیّه»] ٢. «السّراج الوّهاج» در شرح «نتائج الافکار» استادش سیّد ابراهیم قزوینی، در اصول فقه ٣. «کنوز اللئالی» در اصول فقه [که نسخه خطی آن به شماره ٨٢٤٨ در کتابخانه آیت اللَّه مرعشی نجفی موجود است] ٤. «ترتیب خلاصه الاقوال» علّامه حلّی که در سال ١٣١٢ق در اصفهان چاپ سنگی شده است. ٥. «بساطین الریاحین»، در اصول فقه ٦. «ترجمه نجاه العباد» رساله عملیّه استادش صاحب جواهر، به فارسی [که در مجموعه شماره ٨٢٤٨ کتابخانه آیت اللَّه مرعشی نجفی موجود است.] ٧. «الرساله الاحمدیه» به نام فرزندش شیخ احمد ٨. «الخزائن» در اصول فقه ٩. «الریاحین» در فقه استدلالی ١٠. «النّتائج» [تقریرات درس سیّد ابراهیم قزوینی[١]]

[١] رجال اصفهان یا تذکره القبور، ص٧٩؛ سیری در تاریخ تخت فولاد ص٩٣؛ دانشمندان و بزرگان اصفهان، ج١، ص٢٣٧؛ نقباء البشر، ج١، صص ٣٢٢-٣٢١؛ استادزاده، صص ٢١-١٣؛ فهرست مرعشی، ج٢١، ص٢٠٦، الذریعه، ج١٢، ص١٦٤ و ج١٨، ص١٧٤ و ج٢٦، ص٨٤؛ گلشن اهل سلوک، صص ١٩١-١٨٢.