اعلام اصفهان - مهدوی، مصلح الدین - الصفحة ٧١٤ - حسین طغرائی
در جنگی که بین سلطان مسعود بن محمّد سلجوقی و برادرش سلطان محمود اتفاق افتاد. سپاهیان سلطان مسعود در نزدیکی اسدآباد همدان عزیمت یافته و شکست خوردند و طغرایی به اسارت درآمد. در این هنگام شهاب اسعد که رئیس تحریرات بود و کمال الملک علی سمیرمی وزیر سلطان محمود که از پیشرفت کار مؤیدالدّین طغرایی به هراس افتاده بودند، او را به داشتن عقاید فاسد و الحاد متهم ساخته و نزد شاه به بدگوئی پرداختند. بار اول طغرایی اشعاری خواند و از خود رفع اتهام کرد و شاه از قتل او چشم پوشید، امّا آن دو به توطئه و سعایت خود ادامه دادند و عاقبت شاه دستور کشتن استاد طغرایی را صادر کرد و این چنین او به شهادت رسید.
در سال قتل طغرایی بین موّرخان و تراجم نویسان اختلاف است و آن را یکی از سالهای ٥١٣ یا ٥١٤ یا ٥١٥ق ذکر کرده اند که با مقایسه و مطابقت منابع شاید سال ٥١٤ق را بتوان پذیرفت.
در سال ٥١٦ کمال الملک سمیرمی توسط غلام طغرایی در چهار بازار بغداد از پای درآمد.]
طغرایی از شیعیان راسخ العقیده بوده و علوم علماء و مؤلّفین شیعه او ستوده اند.
کتب زیر از تألیفات اوست:
١. «الاحسان فی علم المیزان» ٢. «الارشاد الی الاولاد»، که نسخه ای از آن در کتابخانه مجلس در تهران و نسخه دیگر در مجموعه کتابهای اهدایی آقای مشکاه به دانشگاه تهران موجود است. ٣. «اسرار الحکمه» ٤. «تراکیب الانوار» ٥. «جامع الاسرار» درباره کیمیا ٦. «الجوهر النضیر فی صناعه الاکسیر» ٧. «حقایق الاستشهادات» در رد نظر ابن سینا درباره ابطال کیمیا که به شماره ١١٠٦٤ در کتابخانه وزیری یزد موجود است. ٨. «دیوان اشعار» که نسخه های آن در دارالکتب المصریه در قاهره و در کتابخانه هایی در برلین، موزه لندن و «سن پطرزبورگ» روسیه موجود است. همچنین در سال ١٣٠٠ در استامبول به چاپ رسیده است. ٩. «ذات القواعد» ١٠. «رساله خاتمه» ١١. «شرح دیوان مُتنبّی» ١٢. «طغراء الشریفه» ١٣. «لامیه العجم»