آراء مطرح شده در آثار ملّا خليل موجب گشت تا آثار او مورد نقد و ايراد عالمان انديشمند قرار گيرد و بر كتاب هاى وى ردّيّه هايى نوشته شود. تعدادى از اين نقدها در ذيل آثار ملّا خليل معرفى گرديد. تعداد ديگرى از آنها عبارتند از: ١. نقد كلام ملّا خليل قزوينى (به فارسى). از صدر الدين محمّد بن محمّد صادق قزوينى حسينى (زنده در ١١٠٩ق) شاگرد آقا رضى قزوينى. حسينى در اين رساله، كه در سال ١١٠٣ ق آن را نگاشته، بر كلام ملّا خليل در صافي في شرح الكافي ـ كه مى گويد: «من ترك أخا لاُمّ وابن أخ لأب واُمّ ...» و نيز حاشيه محمّد باقر برادر ملّا خليل كه بر اين بخش حاشيه زده ـ ردّى نوشته است. [١] نسخه اصل اين رساله در كتابخانه شخصى قائنى در قم به شماره ٣٣٤ نگهدارى مى شود كه سر آغاز آن چنين است: «اين چند كلمه در بحث فرايض از صافى شرح كافى به خاطر رسيده و در اين وقت بعنوان شرح الشرح نگاشته». [٢] ٢. نقد كلام ملّا خليل در باب رؤيت. از مؤلف قبلى. حسينى در اين شرح مزجى گفته هاى ملّا خليل را در شرح كافى درباره حديثى از حضرت امام رضا عليه السلام ـ كه درباره نفى ديدن خدا در دنيا و آخرت فرموده و كلينى در كتاب كافى «باب الرؤية» روايت نموده ـ نقل و بر آنها ردّ و ايراد مى نمايد. سر آغاز آن چنين است: «بعد الحمد و الصلاة، هذه كلمات سنحت لي في حديث الإمام الثامن مولانا عليّ بن موسى الرضا عليه السلام ». مولى على أصغر ابن المولى محمّد يوسف قزوينى ـ شاگرد ملّا خليل ـ از ايرادهاى حسينى بر ملّا خليل در رساله اى جواب داده و پس از آن حسينى در رساله ديگرى از جواب هاى ملّا على اصغر پاسخ گفته است. نسخه هر سه رساله در ضمن، به خط صدرالدين حسينى در كتابخانه آيت اللّه مرعشى موجود است. [٣]

[١] الذريعة، ج ٢٤، ص ٢٧٧.[٢] مجله تراثنا، ش ٥٢، ص ١٣٩.[٣] فهرست نسخه هاى خطى كتابخانه آيت اللّه مرعشى، ج ١٧ ص ١٧٢ - ١٧٤، مجموعه ش ٦٥٩٨ شامل ٥ رساله بدين تفصيل: ١. حاشيه جرجانى بر كشاف (برگ ١ تا ١٦٨)، ٢. حاشيه باغنوى بر حاشيه جرجانى بر شرح مطالع (برگ ١٧٠ تا ٢٥٧)، ٣. رساله صدرالدين حسينى در نقد ملّا خليل (برگ ٢٥٩ تا ٢٦٧)، ٤. ردّ ملّا على اصغر بر حسينى (برگ ١٦٧ تا ٢٧٩)، ٥. جواب حسينى از ردّيّه ملّا على اصغر (برگ ٢٧٩ تا ٢٨٩).