ما بايد ببينيم آن عناصر درست كدامند و آنچه با قرآن و حديث منطبق نيست كدام. پس ما بايد آن شيوه اسلامى را كه تاكنون در دنيا عمل نشده است انتخاب كنيم، زيرا آنچه به آن عمل شده شيوه‌هاى غيراسلامى بوده ... با توجه به اين كه تجربه‌اى در اين راه وجود ندارد ... ما ناگزير هستيم از به كار بردن دقت، و چاره نداريم، چون تعهد كرديم پيشنهادهاى اسلامى را در اينجا پياده كنيم. چنانچه اين تعهد وجود نداشت به هر حال تاكنون كارى شده بود. «١» مديريت بحرانها و شكافهاى فكرى و سليقه‌اى و پيشبرد جامعه به سوى اهداف مهم‌ترين وظيفه ايشان به عنوان رئيس جمهور بود. پيشرفت در جنگ و حل و فصل اختلافات نيروهاى سياسى و اجتماعى كه به درون قواى سه گانه وديگر نهادها و جريانها حتى نيروهاى رزمنده كشيده شده بود و نيز تنظيم و پيشبرد سياست خارجى عمده‌ترين دغدغه‌ها و دلمشغولى‌هايى بودند كه دوره اول رياست جمهورى ايشان را به پايان بردند. تكليف امام مبنى بر نامزدى ايشان براى دوره دوم رياست جمهورى، باعث شركت در اين دوره و انتخاب از سوى مردم براى چهار سال ديگر شد.
مبارزه با فساد در زمينه اجتماعى، تحول ادارى و حركت به سوى روابط سالم و اسلامى و در زمينه اقتصادى قطع وابستگى به نفت مبارزه با ركود، بيكارى و تورم به عنوان اولويتهاى كارى چهار ساله دوم در مراسم تنفيذ حكم رياست جمهورى معرفى شدند.
سال ٦٥ كه سال تعيين سرنوشت جنگ معين شده بود، با عمليات كربلاى ٥ به پايان رسيد متعاقب آن فشارهاى بين‌المللى براى پايان جنگ افزايش فوق‌العاده‌اى يافت و قطعنامه ٥٩٨ كه تاحدودى متضمن خواسته‌هاى ايران بود از سوى شوراى امنيت صادر شد. عراق آن را پذيرفت و ايران پيش شرط گذاشت. كاهش بهاى نفت تا زير ٨ دلار وضع اقتصادى را تا آستانه بحران پيش برد و امريكاييها مستقيماً وارد جنگ شدند. ناوچه‌هاى جنگى، سكوهاى نفتى و هواپيماى مسافربرى ايران را مورد هدف قرار دادند و در آخر، شرايط را به سمتى پيش برد كه امام در سال ٦٧ قطعنامه ٥٩٨ را پذيرفتند و جنگ خاتمه يافت. عزل آقاى منتظرى از قائم‌مقامى رهبرى توسط امام، تشكيل مجلس بازنگرى قانون اساسى و نهايتاً بيمارى امام و بسترى شدن ايشان در بيمارستان در آغاز سال ٦٨ طليعه تحولات بعدى بود. روز پس از رحلت‌