آنچه در قانون اساسى هست ولايت فقيه است و ما مكرر گفته‌ايم كسانى كه ولايت فقيه را نمى‌فهمند با حكومت روحانيون اشتباه مى‌گيرند در صورتى كه اين دو موضوع متفاوت است. «١» آغاز جنگ و تهاجم نظامى عراق در شهريور ٥٩ شوك عظيمى بر جامعه وارد كرد و انقلابيون را مضطرب كرد. آنان را واداشت كه دست از همه اختلافات‌بردارند و براى دفاع از انقلاب راهى جبهه‌ها شوند. ايشان نيز كه عضو شوراى عالى دفاع بودند به همراه شهيد چمران در روزهاى آغازين جنگ رهسپار جبهه‌ها شدند تا جلوى تجاوزات دشمن را سد كنند:
اول جنگ وقتى هفت هشت ده روزى گذشت ديدم كه هر چه خبر مى‌آيد يأس‌آور است ... البته من نماينده امام در شوراى عالى دفاع و سخنگوى آن شورا بودم. ديدم كه از من كارى برنمى‌آيد دلم هم مى‌جوشد و اصلًا نمى‌توانم صبر كنم با دغدغه كامل خدمت امام رفتم ... من به امام گفتم خواهش مى‌كنم اجازه بدهيد من به اهواز و يا دزفول بروم شايد كارى بتوانم بكنم. بلافاصله گفتند شما برويد. من به قدرى خوشحال شدم كه گويى بال در آوردم ... همان شب اول كه رفتيم گروه كوچكى درست شد قرار شد كه اينها بروند آرپى جى و تفنگ بردارند و به صفوف دشمن شبيخون بزنند ... ما در شب عمليات مى‌رفتيم. «٢» انديشه سياسى مقام معظم رهبرى ٤٣ مبانى فلسفه سياسى اسلام‌ بنا به مسئوليتى كه داشتند محل مراجعه رزمندگان قرار مى‌گرفتند نيروهاى مردمى كه خود جوش آمده بودند در ستاد جنگهاى نامنظم سازماندهى مى‌شدند. سپاه نيز بنا به ضرورت وارد عرصه دفاع شد و طبعاً چون تازه تأسيس بود و نيازمند تجهيزات و مهمات به ارتش مراجعه مى‌كردند كه در رأس آن بنى صدر به عنوان فرمانده كل قوا قرار داشت. اما گويى آتش جنگ هم نتوانسته بود ذره‌اى از اختلاف او با خط امام بكاهد و دائماً به آنها بى‌اعتنايى مى‌كرد و امكانات لازم را در اختيارشان قرار نمى‌داد:
دو جور كار وجود داشت در آن ستادى كه ما بوديم: يك جور كار، كارهاى خود اهواز بود از جمله عمليات چريكى و تنظيم گروههاى كوچك براى كار در صحنه عمليات بود كه به اصطلاح آن روزها براى شكار تانك مى‌رفتند نوع دوم كار، كارهاى مربوط به بيرون اهواز بود از جمله پشتيبانى خرمشهر و آبادان ... كمك به اينها بايستى از ارتش به زور مى‌گرفتيم البته خود ارتشيها هيچ حرفى نداشتند با كمال ميل مى‌دادند منتها آن روز بالاى سر ارتش فرماندهى وجود