ايده و انديشه حكومت اسلامى يا حكومت مبتنى بر ولايت فقيه را شاگردان امام خمينى نيز در دهه‌هاى ٥٠ به عنوان آرمان مبارزه انقلابى برگزيده و در نهايت توانستند با رهبرى ايشان در انقلاب اسلامى ١٣٥٧ به پيروزى برسانند. آيت اللَّه خامنه‌اى نيز به عنوان يكى از شاگردان برجسته امام خمينى ولايت فقيه را در كانون انديشه سياسى خود قرار داده‌اند. از نظر ايشان مسأله حكومت در اسلام:
اگر نگوييم اساسى‌ترين و مهم‌ترينِ مسائل اسلامى است، حداقل در رديف چند مسئله درجه اول اهميت در اسلام است. اگر مسئله حكومت را، مسئله ولايت را از دين بگيرند، دين يك مجموعه متفرّق و متشتّتى خواهد شد كه يقيناً نخواهد توانست رسالت اصلى خودش را كه هدايت انسانها و ايجاد بهشت در اين دنيا و به كمال رساندن انسانهاست به انجام برساند. (٢/ ١١/ ١٣٦٦)
از مفهوم حكومت در تعابير اسلامى با تعبير ولايت ياد شده است. ولايت نوعى رابطه ميان مردم و حاكمان است كه موجب همراهى و پيوند وثيقى بين آنها مى‌شود.
ولايت، يعنى سرپرستى، پيوند، ارتباط، اتصال، به هم پيچيده شدن دو چيز، به هم جوشيدگى و به هم پيوستگى كسانى كه با يكديگر ولايت دارند. معنا و شكل و مفهوم ولايت در جامعه و نظام اسلامى، اين است. از اين جهت، در جامعه اسلامى، كلمه ولايت به حكومت اطلاق مى‌شود و رابطه بين ولىّ و مردم، يك رابطه ولايتى است و ارتباط و اتصال آنها، غير قابل انفكاك مى‌باشد و تمام اجزاى اين جامعه، با يكديگر متصل‌اند و از هم جدا نيستند. (٢٠/ ٤/ ١٣٦٩)
از اين رو مصالح آنها نيز همسو يكسان است. در حكومتهاى غير ولايى چنين رابطه‌اى وجود ندارد و عملا مصالح حاكمان و مردم از يكديگر متمايز است.
اهميت ولايت در اسلام به حدى است كه «موجب آن شد پيغمبر اكرم در آخرين ماه‌ها، آخرين هفته‌هاى زندگى پر بركت خودش، مردم را نسبت به اين قضيه آگاه و روشن كند.» (٢٣/ ٦/ ١٣٦٣) امر ولايت، امرى ضرورى در اسلام است. طبق استدلالهاى قرآنى، «حفظ پيوستگى‌هاى داخلى و نفى وابستگى‌هاى خارجى براى يك جامعه مسلمان، متوقف است بر اينكه يك قدرت متمركزى در جامعه اسلامى وجود داشته باشد تا همه نشاطها و فعاليت‌ها و همه جهت‌گيرى‌ها و موضع‌گيرى‌ها و قطب‌ها و جناح‌هاى مختلف اين جامعه را او رهبرى و اداره كند و اسم آن را