رفراندوم، نزاع به نفع نيروهاى انقلابى خاتمه پيدا كرد و با ٢/ ٩٨ درصد آراى مردم تأييد گرديد و تلاشهاى نيروهاى خط امام و ايشان به ثمر نشست.
وقتى كه جمهورى اسلامى مطرح شد و رفراندوم شد، بيش از ٩٨ درصد مردم به جمهورى اسلامى رأى دادند در حالى كه شاهد و ناظر بوديم آن روز تلاشهاى زياد صورت گرفت تا عنوان جمهورى اسلامى را به عنوانهاى ديگرى از قبيل جمهورى دموكراتيك اسلامى، جمهورى دموكراتيك خلق و چيزهاى ديگر تبديل كنند. «١» پس از تعيين نوع رژيم اكنون نوبت تعيين ساختار سياسى بود. مجلس خبرگان قانون اساسى عهده‌دار اين كار شد. تركيب مجلس كه اكثر از علما و فقها بودند و نهايتاً با طرح بحث ولايت فقيه نقطه چالش بزرگ در جامعه به وجود آمد. ليبرال‌ها كه در دولت موقت اكثريت و در شوراى انقلاب دستى داشتند و در قضيه رفراندوم هم شكست خورده بودند، همه تلاش خود را در مخالفت با اين اصل به كار بردند. عده زيادى از اعضاى دولت تصميم گرفتند كه مانع كار مجلس خبرگان شوند و خواستار انحلال آن شدند. ايشان و تنى چند از اعضاى شوراى انقلاب در مقابل آنها ايستادند:
از جمله موارد اختلاف كه خيلى روشن بود مسئله ولايت فقيه بود. آن شبى كه در جلسه هيئت دولت نامه‌اى كه امير انتظام تهيه كرده بود و بعد ١٥ نفر يا ١٤ نفر از وزراى كابينه دولت موقت از قبل امضاء گرفته بودند و قرار بر اين بود كه اين نامه به اطلاع امام برسد و اين عده دسته جمعى استعفا بدهند يا انحلال مجلس خبرگان را بخواهند؛ آن شبى كه اين نامه در هيئت وزيران مطرح بود، بنده بودم از كسانى بودم كه از طرف شوراى انقلاب در آن مجلس حضور داشتم. «٢» دولت موقت و رئيس آن كه توانسته بودند با تهديد به استعفا، وزراى دلخواه خويش را وارد كابينه كنند، اين بار نيز تصور مى‌كردند مى‌توانند ايشان و نيروهاى انقلاب و امام را وادار به عقب‌نشينى كنند. لكن با پاسخ قاطع امام مبنى بر پذيرش استعفايشان عقب نشينى كردند! پس از تصويب قانون اساسى توسط خبرگان و تأييد آن با اكثريت مطلق آراى مردم على رغم تحريم انتخابات توسط برخى گروهها مثل مجاهدين خلق و ليبرالها نوبت تأسيس نهادهاى نظام از قبيل رياست جمهورى و مجلس براساس قانون اساسى بود. در جريان اين وقايع،